naar over de hogeschool
Pieter Schreurs

"Dit onderzoek heeft een toegevoegde waarde; je kunt meer info uit dezelfde data halen''

Pieter (26) schreef ruim 80 a4'tjes vol en won hiermee de scriptieprijs van Bio-informatica. De door hem ontwikkelde extensie op een bestaand softwareplatform doet scherpe voorspellingen over chemo op cellen dankzij numerieke - en afbeeldingsdata.

Pieter Schreurs

Het softwareprogramma waar ik mee aan de slag ben gegaan wordt gebruikt door farmaceuten en een aantal universiteiten om data-analyses te doen. Ik heb een applicatie ontwikkeld binnen dat programma in de Cloud waarbij niet alleen numerieke data, maar ook afbeeldingen en het algoritme daarvan inzichtelijk worden gemaakt. Er wordt dus een koppeling gemaakt tussen die data. 

Tweedelig onderzoek

Mijn onderzoek is eigenlijk tweedelig geweest. Aan de ene kant heb ik software ontworpen en aan de andere kant die software ook onderzocht. Ik heb verslag gelegd over wat ik heb ontworpen en welke stappen ik heb ondergaan en aan de andere kant ben ik bezig geweest met een dataset van borstkankercellen die met een besloten groep cytostatica, chemobehandelingen, behandeld waren. Onderzoekers in Edinburgh hebben ooit foto’s van die cellen gemaakt met een geautomatiseerde robotmicroscoop. Ik heb ongeveer 50 verschillende chemo’s op verschillende concentraties door dat platform gehaald om met een AI-model over deze groep te voorspellen welke effecten je ziet. 

De voorspellingen waren door deze extra stap significant verbeterd.

Opvallende uitkomst

Een van de meest interessante dingen die uit mijn onderzoek kwam ging over de chemobehandeling genaamd Bleomycine. In de literatuur staat deze behandeling over het algemeen beschreven als ‘DNA damage’. Dat houdt in dat deze chemo de DNA in je cellen kapot maakt, waardoor de kanker doodgaat. Het AI-model voorspelde echter dat deze behandeling microtubulus juist stabiliseerde.  Dat betekent dat de slechte cel vast komt te zitten en niet verder kan groeien wanneer cellen delen. Dit kwam dus niet overeen met de literatuur hierover. Uiteindelijk bleek dat meerdere onderzoekers ondertussen tot deze conclusie waren gekomen. Het bewees voor mij in ieder geval dat deze extra controlestap van het kijken naar de afbeeldingen in plaats van alleen de data, het model beter maakte en we betere conclusies uit diezelfde data konden halen. 

Deze techniek is een enorme stap in de doorontwikkeling van medicatie. Deze software wordt nu verkocht aan farmaceuten en universiteiten om sneller tot de juiste plek in de medicijnontwikkeling te komen.

Het is gewoon heel bijzonder dat er nu een product is dat na nog verdere doorontwikkeling gewoon in gebruik genomen kan worden en dat het onderzoek wat ik heb gedaan ook echt van toegevoegde waarde is. Het werkt. 

Stagebedrijf

Ik heb ervoor gekozen om in een startup mijn afstudeeronderzoek te doen, omdat je hier vaak korte lijntjes, eigen projecten en vrijheid hebt. Ik heb vaak met de technisch directeur en de oprichter van Core Life Analytics, mijn stagebedrijf, gepraat waarna ik alsnog gewoon de mogelijkheid had om mijn eigen plan te trekken en mijn ideeën uit te werken. 

Bij deze opleiding loop je 10 maanden stage. Eigenlijk heb ik hier dus gewoon een jaar gezeten. Het schrijven van je scriptie en het daarbij programmeren van een stukje software is tevens je werk daar. Ik heb dit programma voor hen geschreven als werk en er vervolgens onderzoek naar gedaan voor mijn scriptie. 

Aan de slag als Bio-Informaticus

Binnenkort ga ik aan de slag als Bio-Informaticus bij Core Life Analytics. Het is een bedrijf waar ik het naar mijn zin heb en mijn werk goed kan doen. Het is voor mij echt de perfecte opleiding geweest, al ben ik hier niet begonnen. Ik ben ooit gestart met de studie Mechatronica, waarna ik de middelbare Tuinbouwschool heb gedaan. Ik heb 2 jaar Biologische Landbouw gestudeerd en kwam er toen achter dat ik het informatica-aspect van de opleiding Mechatronica leuk vond en het Biologie-aspect van die andere opleiding. Gelukkig heb ik juist díe combinatie gevonden bij Bio-Informatica. 

Zoek voor je afstudeerperiode een plek waar je wílt afstuderen en kijk daarna pas naar de opdracht. Bij een leuke plek kun je namelijk zelf wel invulling geven aan de opdracht.

Gouden tip van Pieter

Meer weten?

Wil je meer lezen over de HL-Prijswinnaars van 2022 en de opleiding: