Bio-informatica voor beginners - NIEUW
- Cursus
- Bio-informatica
- Start 9 januari 2025
- Duur 4 dagen
- Nederlandstalig
- Bewijs van deelname
In het kort
Neem een kijkje in de diverse wereld van de bio-informatica. Hoe werkt zoeken in een online sequentie-database als NBCI of PDB eigenlijk? Hoe kun je met Next Generation Sequencing-data een biologische vraag beantwoorden? Hoe kun je voorspellen of een molecuul bindt aan een eiwit? En hoe kun je via machine learning biologische voorspellingen doen? Ontdek het brede werkveld van de bio-informatica tijdens deze introductie cursus.
Voor wie?
(Laboratorium)analisten die de basis willen leren van bio-informatica. Deze cursus is op hbo werk- en denkniveau.
Centrum Bioscience en Diagnostiek
Deze cursus maakt onderdeel uit van het nascholingsaanbod van het Centrum Bioscience en Diagnostiek (CBD). Het vakgebied life science en health staat nooit stil. Samen met diverse partners uit het werkveld ontwikkelt het CBD daarom opleidingen en nascholingen die inspelen op wat er, nu én in de toekomst, nodig is in de sector.
Nieuwsgierig? Bekijk het actuele opleidingsaanbod.
Vragen? Neem contact met ons op.
Wat je leert
- Bioinformatica databases en tools gebruiken (NCBI, UniProt, KEGG, PDB)
- Introductie Next generation sequencing en korte workshop Data analyse met R
- Machine Learning voor beginners en introductie Data management
- 3D structuren van eiwitten analyseren
Vergelijkbare cursussen
Jezelf verder ontwikkelen op het gebied van life science en health? Vanuit het CBD bieden we diverse cursussen, masterclasses, workshops en andere opleidingstrajecten aan.
Bekijk alle cursussen op het gebied van Bio-informatica en Genomics.
Programma
In 4 dagen van 09.30-15.00 uur krijg je een introductie in de wereld van bioinformatica. Omdat het een divers vakgebied is, bijten we ons elke dag in een ander onderwerp vast.
Dag 1 Bio-informatica databases gebruiken
Hoe ziet DNA- en eiwitdata er eigenlijk uit voor een bioinformaticus? Welke databases zijn er publiek beschikbaar, en hoe gebruik je deze voor het beantwoorden van een onderzoeksvraag? In een combinatie van demonstratie door een docent en hands-on computerpraktijk maken de deelnemers kennis met de wereld van verschillende databases en tools. Indien gewenst kunnen we de diepgang opzoeken, en uitleggen hoe bijvoorbeeld BLAST werkt, en welke impact dat heeft op je zoekresultaten.
Dag 2 DNA tot data
Uitleg van Next generation sequencing, en de manier waarop deze data ingezet kan worden voor onderzoek. Tijdens het computerpracticum gaan we aan de slag het gratis programma R-studio. Leer data-analyseren en een paar visualisaties maken, door bestaande R scripts aan te leren passen.
Dag 3 Machine learning voor beginners
Hoe kan een computer op basis van data, voorspellingen doen voor de toekomst?
We lichten een tipje van de sluier op en bespreken voorbeelden van clustering en classificatie, en de opzet van een geautomatiseerde data analyse. Met behulp van het programma Orange leer je een ML-data-analyse opzetten. We sluiten de dag af met een case study over Data management.
Dag 4 Eiwitstructuur en vouwing
Hoe kun je voorspellen hoe een eiwit vouwt, vanaf de DNA sequentie? Onder leiding van een docent doorloop je een homology modelling experiment, en maak je tijdens de computerpraktijk zelf een voorspelde structuur. We sluiten de middag af met het voorspellen van een binding van een drug in een drug-target.
Let op!
De inhoud van cursus Introductie NGS is een onderdeel van deze cursus. Wil je meedoen aan Bio-informatica voor beginners en heb je Introductie NGS al gedaan? Neem dan even contact op voor de mogelijkheden.
Deze cursus wordt verzorgd door docenten Saskia Stahlecker, Hilda van Mourik, Tom Groot Kormelink, Marc Besseling en Ken Kraaijeveld.
Saskia Stahlecker
Saskia Stahlecker-Vosslamber is sinds 7 jaar als docent werkzaam bij de opleiding bio-informatica. Haar focus ligt op data-analyse Next Generation Sequencing (NGS) en transciptoom-analyse. Hiervoor gedurende 10 jaar werkzaam als onderzoeker met als expertisegebied advanced data-analyse, transcriptoom-analyse en autoimmuniteit.
Hilda van Mourik
Tom Groot Kormelink
Tom Groot Kormelink is sinds 2013 docent bio-informatica op de Hogeschool Leiden. Daarvoor heeft hij 4 jaar lang onderzoek verricht naar het voorspellen van transcriptiefactor bindingsplaatsen. Zo onderzocht bij bijvoorbeeld de glucocorticoïdreceptor en bijwerkingen van glucocorticoïden als behandeling voor reuma. Daarnaast is Tom dol op puzzelen, vooral op sudoku’s en andere breinbrekers. “Bioinformatica is eigenlijk ook gewoon puzzelen!”
Marc Besseling
Marc Besseling is 4 jaar als docent werkzaam bij de opleiding bio-informatica van de Hogeschool Leiden. Hier geeft hij uitlopende lessen, van populatiegenetica tot linux programmeren. Hiernaast is Marc onderzoeker bij het LCAB (Leiden Centre for Applied Bioscience). Momenteel gaat zijn onderzoek over de bacterie diversiteit in de grond van de tulpenteelt, dit rondom Leiden. “Blijven leren.”
Ken Kraaijeveld
Ken Kraaijeveld is evolutionair bioloog. Hij doet allerlei DNA-onderzoek bij het Leiden Centre of Applied Bioscience: van het bodemleven in tulpenvelden tot het Y chromosoom van de zwarte neushoorn. Ook geeft hij les bij de opleiding Bio-informatica aan de Hogeschool leiden, met name op vakken over Next Generation Sequencing. Ingewikkelde dingen op een toegankelijke manier uitleggen doet hij zowel graag in zijn lessen als op papier; zo schreef hij ook het populair-wetenschappelijke boek ‘Waarom je hond geen fruit hoeft te eten’.
Voor alle trainingen van het Centrum Bioscience en Diagnostiek is het mogelijk om een maatwerktraject samen te stellen. De kracht hiervan is dat we tijdens de training direct kunnen inspelen op de unieke werksituatie en trainingsbehoeften van jouw organisatie. Je kunt hierbij kiezen voor een incompanytraining voor een groep medewerkers of een individueel traject.
Meer informatie aanvragen?
Ben je benieuwd naar de mogelijkheden van een maatwerktraject voor jouw organisatie, neem dan vrijblijvend contact met ons op via 071-5188743/753 of [email protected].
Schrijf je in
De eerstvolgende cursus Bio-informatica voor beginners start op 9 januari 2025. Wil je verzekerd zijn van een plaats? Schrijf je in voor 28 november 2024.
Bij inschrijving vóór 3 oktober 2024 ontvang je vroegboekkorting. Voor alle post-hbo opleidingen, cursussen, workshops, masterclasses en maatwerktrajecten gelden de algemene leveringsvoorwaarden van Hogeschool Leiden.
Praktische informatie
Ben je van plan om deel te nemen aan de cursus Bio-informatica voor beginners? Bekijk hier de praktische informatie over de data, lestijden en de kosten.
Doelgroep
Laboratoriumanalisten die meer willen leren over bio-informatica. Deze cursus is op hbo werk- en denkniveau.
Cursusdata
9, 23 januari, 6 en 20 februari 2025
Lestijden
09.30-15.00 uur
Omvang
4 lesdagen van 5 uur, totaal 20 uur (20 EUC)
Getuigschrift
Bewijs van deelname
Inschrijven
Schrijf je in vóór 28 november 2024
Prijs
€ 2.090,- (bij inschrijving vóór 3 oktober 2024 € 1.900,-)
Praktische zaken
Voordat je aan je opleiding bij Hogeschool Leiden kunt beginnen is het belangrijk om een aantal praktische zaken te regelen.