Innovatieve Moleculaire Diagnostiek lab

Onderzoeksprojecten

Het TOPlab van het lectoraat Innovatieve Moleculaire Diagnostiek werkt aan diverse onderzoeken al dan niet in samenwerking met externe partijen. Graag geven we u een bloemlezing van onze onderzoeksprojecten.

SOS-RAAK Pro: Sepsismanagement door Optische Sneldiagnostiek

Sepsis is een ernstige klinische aandoening waar bijna 1000 mensen per jaar in Nederland aan sterven. Een van de redenen voor deze hoge mortaliteit is de langdurige tijd-tot-resultaten van sepsis diagnostiek. Dit kan 60-80 uren duren, wat zorgt voor een langer ziekenhuisverblijf, een verminderde overlevingskans en hogere onkosten in de gezondheidszorg. Patiënten krijgen een breedspectrum antibiotica en pas na bekendmaking van de resultaten van de bloedkweek een gerichte antibioticum therapie. Hiermee verhoogt men de kans op het verwerven en verspreiden van antimicrobiële resistentie. Het lectoraat Innovatieve Moleculaire Diagnostiek ontwikkelt een diagnostisch platform voor een snellere bacteriële sepsis diagnostiek. Hiermee hoopt het lectoraat IMD de duur van ziekenhuisopnames te verkorten, de overlevingskansen van sepsis patiënten te verhogen en zorgkosten te verlagen. Dit diagnostische platform bestaat uit het identificeren en bepalen van de antimicrobiële gevoeligheid van de bacteriële verwekker van sepsis. Hierdoor zijn, met conventionele technieken en Raman spectroscopie, negen soorten van de meest voorkomende bacteriën bij sepsis patiënten geïsoleerd,  en geïdentificeerd. En ook het antimicrobiële gevoeligheidsspectrum is bepaald. Het onderzoek is deels afgerond en er wordt gewerkt aan een aantal publicaties. Momenteel start het TOPlab met een klinisch pilot experiment.

Appeal studie: Analysis of Predictive Parameters for Evident Anastomosis Leakage

Bij operaties aan de dikke darm kan zich een reeks van specifieke complicaties voordoen, waaronder een lekkage van de darmnaad (de anastomose). De inhoud van de darm, met al zijn bacteriën, komt dan in de buikholte terecht. Met als gevolg hartkloppingen, buikvlies ontsteking, sepsis (bloedvergiftiging) en koorts. Een dergelijke lekkage dient dus tijdig vastgesteld te worden. APPEAL staat voor Analysis of Predictive Parameters for Evident Anastomosis Leakage. Doel van dit project is het onderzoeken van drainvochten afkomstig van patiënten die verdacht zijn van een colorectale anastomose (darmlekkage). Het drainvocht wordt onderzocht op de aanwezigheid van indicator organismen E. coli en E. faecalis met behulp van qPCR. Dit onderzoek is inmiddels succesvol afgerond. Een publicatie is onderweg.

AFLP project: onderzoek naar snelle moleculaire diagnostische methoden

Dit project richt zich op ontwikkeling en onderzoek van een klinisch diagnostische test voor het aantonen van pathogene micro-organismen (o.a. Burkholderia-gerelateerde bacteriën) in monsters van patiënten. De techniek die hiervoor gebruikt wordt is AFLP, wat staat voor Amplification Fragment Length Polymorphism (AFLP®).
Tot op heden zijn er nog geen goede moleculair diagnostische methoden om o.a. Burkholderia stammen te typeren en snel een diagnose te kunnen stellen, wat van groot belang is om verspreiding van de bacterie te beperken, maar zeker ook om de patiënt van de juiste therapie te voorzien. In het lopende Burkholderia AFLP onderzoek is het DNA van een referentie-collectie van ongeveer 100 Burkholderia en Pseudomonas bacteriestammen geïsoleerd. Het op het TOPlab ontwikkelde AFLP protocol voor typering van bacteriestammen is vervolgens toegepast om een gedeelte van de stammen te typeren. Dit onderzoek is inmiddels succesvol afgerond. Een publicatie is onderweg.

TOPlab en GiMaRIS: Geografische herkomst van schelpdieren

Het bedrijf GiMaRIS is gespecialiseerd in marine research en consultancy op het gebied van marine biologie. Samen met GiMaRIS is het TOPlab een onderzoek gestart om de geografische herkomst van schelpdieren te bepalen. We gebruiken hiervoor morfologische technieken, maar ook moleculair biologische technieken. Een meerjarig onderzoek waarin onderzoekers, maar zeker ook studenten een grote rol spelen.

TOPlab en GiMaRIS: validatie van schelpdier zuiveringsinstallaties

Schelpdieren leven in kustgebieden en voeden zich door het filteren van zeewater. Door fecaal verontreinigd water kunnen zij besmet raken met pathogenen, welke een gevaar vormen voor de volksgezondheid. Om de volksgezondheid te waarborgen, bestaat er een strenge EU wetgeving. Om de werking van zuiveringsinstallaties te valideren, moeten deze getest worden. Hiervoor is in opdracht van GiMaRIS een gestandaardiseerd protocol ontwikkeld om deze validatie uit te voeren. In het kort: in het laboratorium besmette schelpdieren worden naar de zuiveringsinstallaties gebracht. De exploitant van schelpdieren voert een zuivering uit. Na zuivering wordt de mate van 'rest-besmetting' geanalyseerd bij het TOPlab. Op deze wijze kan aangetoond worden of de zuivering voldoende effect heeft gehad en of de schelpdieren voldoen aan de eindproductnorm.

TOPlab en GiMaRIS: Ontwikkeling en uitvoering diagnostiek schelpdieren diverse humaan-pathogene micro-organismen

Verschillende microbiologische diagnostische testen worden ingezet om de aanwezigheid van human-pathogene micro-organismen in schelpdieren aan te tonen. De aanvragen van de diagnostische testen verlopen via GiMaris. De analisten in het TOPlab zijn verantwoordelijk voor het uitvoeren van de testen. We testen onder andere op het Norovirus, E. coli, Salmonella en Vibrio spp.

TOPlab en BiosparQ: biofysisch platform single-cell Maldi-tof

Het TOPlab is gestart met verschillende projecten waarbij gebruik wordt gemaakt van de single cell Maldi-tof van BiosparQ. Een biofysisch platform wat ingezet kan worden voor verschillende (medische) toepassingen. Momenteel lopen er twee gesubsidieerde onderzoeken (RAAK-Publiek en SICTEC project) waarbij voor beide projecten een toepassing is gekozen op het gebied van identificatie van bacteriën. Verschillende ziekenhuiscentra zijn betrokken bij het onderzoek en ook Hogeschool Rotterdam speelt een rol.
Bij het TOPlab is er inmiddels een prototype geplaatst van een single cell Maldi-tof van BiosparQ. Grote bedrijven en ziekenhuizen zijn betrokken bij de projecten. Onderzoekers en studenten hebben zo de kans om met deze zeer innovatieve techniek te werken.

Consultancy

Het groot gewasbeschermingsbedrijf Koppert B.V . heeft het TOPlab gevraagd advies te geven op het gebied van inrichting van een moleculair biologisch laboratorium. Tevens adviseren kenniskringleden bij het opzetten van moleculaire assays en worden scholingsbehoeften van het personeel geïnventariseerd. Hier is het Centrum voor Bioscience en Diagnostiek nauw bij betrokken. We voeren initiële experimenten uit op het TOPlab.