Overslaan en naar de inhoud gaan Overslaan en naar de footer gaan Overslaan en naar de navigatie gaan
Zoeken

Onderzoeksgroep Toegepaste Genomische Microbiologie

Onze onderzoeksgroep werkt samen met biotechnologiebedrijf BaseClear aan de sequencing van het DNA van micro-organismen en de verdere analyse van de sequence data. Dit doen we met de vakgroep Bio-informatica van het Leids Centre for Applied Bioscience (LCAB). Onze kennis draagt bij aan thema’s als voedselveiligheid, gezondheid en duurzaamheid.

Werkwijze

We werken praktijkgericht. In het laboratorium van het LCAB voeren we moleculair-microbiologisch onderzoek uit en maken we vaak gebruik van de Next Generation Sequencing (NGS) technologie. Een technologie die ook in andere biomedische laboratoria steeds vaker wordt toegepast. Wij werken samen met de vakgroep Bio-informatica van het LCAB.  Deze vakgroep ondersteunt de verwerking van data vanuit de lopende projecten op het LCAB op het gebied van o.a. genomics en metagenomics zoals het project Advanced Precision in Food Safety en ontwikkelt hiervoor nieuwe methodieken. Deze methodes kunnen uiteenlopen van directe dataverwerking tot de ontwikkeling van complete applicaties, geïntegreerde data-analyses en statistische analyses. Centraal in het onderzoek staat Nanopore sequencen; zowel het uitvoeren als het verwerken van de data. Een voorbeeld hiervan is de ontwikkeling van adaptieve sampling toepassingen. 

Floyd Wittink en Walter Zuijderduin | LCAB, Hogeschool Leiden
Door ons Food Safety-onderzoek kunnen we de listeriabacterie veel sneller identificeren.  

Impact

De toename van het gebruik van NGS, levert grotere hoeveelheden data op waardoor de behoefte aan bio-informatische data-analyses groeit. Wij streven ernaar in deze behoefte te voorzien en de bio-informatische kennis en vaardigen van studenten aan de opleiding Biologie en Medisch Laboratoriumonderzoek te versterken. 

Onderwijs

Wij werken samen met de vakgroep Bio-Informatica van het LCAB.

Twee onderzoekers van Foodlab bekijken en bespreken mengsel onder microscoop
docent en studenten werken aan food safety onderzoek in laboratorium

Onze onderzoeksprojecten

We onderzoeken maatschappelijk relevante thema’s die waardevol zijn voor bijvoorbeeld voedselbereiding, farmaceutische of biotechnologische toepassingen. Bekijk hier onze lopende en afgeronde onderzoeksprojecten. 

Bekijk alle projecten

Samen onderzoeken?

Leiden Centre for Applied Bioscience

Student Katinka kijkt in microscoop bij opleiding Biologie en Medisch Laboratoriumonderzoek van Hogeschool Leiden

Onze lector

Dr. Astrid Heikema is sinds november 2022 lector van de onderzoeksgroep Toegepaste Genomische Microbiologie. Zij ontwikkelt samen met bedrijven en studenten ideeën voor vernieuwend toegepast onderzoek. 

Meer over onze lector

Uitgelicht

Jaarlijks 100 miljoen euro extra voor praktijkgericht onderzoek

Nieuws | Onderzoek
Lees meerover Jaarlijks 100 miljoen euro extra voor praktijkgericht onderzoek
Logo praktijkgericht onderzoek

Microbioomdiversiteit in zebravislarven

Onderzoeksproject
Lees meerover Microbioomdiversiteit in zebravislarven
Twee onderzoekers van Foodlab bekijken en bespreken mengsel onder microscoop

Advanced Precision in Food Safety

Onderzoeksproject
Lees meerover Advanced Precision in Food Safety
onderzoek in laboratorium, pipet in hand

Ons netwerk

logo biotechnologiebedrijf baseclear

Onze onderzoeksgroep is een samenwerking van Hogeschool Leiden en biotechnologiebedrijf BaseClear. Samen met onze kennispartners, docenten en studenten werken we aan innoverende toepassingen die maatschappij, onderwijs en milieu vooruithelpen. Onderzoek je met ons mee? 

Samenwerking met BaseClear 
BaseClear is een geaccrediteerd service biotechnologiebedrijf dat analyses doet voor DNA onderzoek, kwaliteitscontrole en forensische laboratoria. BaseClear is een samenwerkingspartner van zowel Hogeschool Leiden als Naturalis. Daarnaast wordt er samengewerkt in projecten waarbij de focus ligt op het testen van nieuwe technologieën en toepassingen.