Onderzoeksgroep Microbial Genomics

In het laboratorium van het LCAB voeren we moleculair-microbiologisch onderzoek uit en maken we veelvuldig gebruik van Next Generation Sequencing (NGS) technologie. Methoden voor het toepassen van zowel Whole Genome- als Metagenomics Sequencing worden geoptimaliseerd, en relevante kwaliteitscontroles worden uitgevoerd om sequencedata van hoge kwaliteit te genereren. Samen met de vakgroep Bio-informatica ontwikkelen we toegankelijke data-analyse tools, pijplijnen en webapplicaties die zowel door ons als door partners uit de praktijk gebruikt worden voor de data-analyse. 

Centraal in het onderzoek staat Nanopore sequencing. Omdat we werken met verschillende samples (zoals melk, chocolade, vlees en spoelwater) en bacteriële soorten (Listeria, Salmonella, E. coli, Lactobacillus), is de optimalisatie van het DNA-isolatieprotocol regelmatig nodig. Verder hebben we recent bijvoorbeeld een methode ontwikkeld om NGS toe te passen op zeer lage concentraties DNA. Met deze benadering kunnen we bijvoorbeeld lage aantallen pathogenen opsporen in voedsel en fabriekslocaties. 

Binnenkort starten we met het opzetten van een Strain Discovery platform. Vanuit de praktijk is er veel vraag naar natuurlijke microbiële stammen voor verschillende toepassingen. Denk hierbij aan voedselproductie, farmaceutische- en biotechnologische toepassingen. Door een combinatie in te zetten van selectieve bemonstering, selectieve kweek, machine learning en NGS gaan we gericht opzoek naar microbiële soorten met specifieke functionele eigenschappen.