Overslaan en naar de inhoud gaan Overslaan en naar de footer gaan Overslaan en naar de navigatie gaan
Zoeken

Onderzoeksgroep Microbial Genomics

Onze onderzoeksgroep werkt aan de Voedselveiligheid en Strain Discovery binnen het kader van gezondheid en biodiversiteit. Daarbij worden vooral moleculair-microbiologische technieken en sequencing van het DNA van micro-organismen toegepast. De analyse van de sequence-data en de ontwikkeling van tools hiervoor doen we samen met de vakgroep Bioinformatica. Op het gebied van onderwijs worden biologie en medisch laboratorium studenten gestimuleerd om naast laboratorium werkzaamheden, complexe data-analyses uit te voeren met toegankelijke bioinformatica tools binnen het Galaxy platform.

stagiair voert handelingen uit op het DNA lab

Werkwijze

In het laboratorium van het LCAB voeren we moleculair-microbiologisch onderzoek uit en maken we veelvuldig gebruik van Next Generation Sequencing (NGS) technologie. Methoden voor het toepassen van zowel Whole Genome- als Metagenomic Sequencing worden geoptimaliseerd, en relevante kwaliteitscontroles worden uitgevoerd om sequencedata van hoge kwaliteit te genereren. Samen met de vakgroep Bioinformatica ontwikkelen we toegankelijke data-analyse tools, pijplijnen en webapplicaties die zowel door ons als door partners uit de praktijk gebruikt worden voor de data-analyse. 

Centraal in het onderzoek staat Nanopore sequencing. Omdat we werken met verschillende samples (zoals melk, chocolade, vlees en spoelwater) en bacteriële soorten (Listeria, Salmonella, E. coli, Lactobacillus), is de optimalisatie van het DNA-isolatieprotocol regelmatig nodig. Verder hebben we recent bijvoorbeeld een methode ontwikkeld om NGS toe te passen op zeer lage concentraties DNA. Met deze benadering kunnen we bijvoorbeeld lage aantallen pathogenen opsporen in voedsel en fabriekslocaties. 

Binnenkort starten we met het opzetten van een Strain Discovery platform. Vanuit de praktijk is er veel vraag naar natuurlijke microbiële stammen voor verschillende toepassingen. Denk hierbij aan voedselproductie, farmaceutische- en biotechnologische toepassingen. Door een combinatie in te zetten van selectieve bemonstering, selectieve kweek, machine learning en NGS gaan we gericht opzoek naar microbiële soorten met specifieke functionele eigenschappen.

Astrid Heikema | LCAB, Hogeschool Leiden
Door ons Food Safety-onderzoek kunnen we de listeriabacterie zeer nauwkeurig identificeren waardoor effectieve maatregelen getroffen kunnen worden.  

Impact

...

Onderwijs

Studenten die stagelopen bij het lectoraat doen uitgebreide ervaring op met de Nanopore technologie, de bijbehorende moleculair-microbiologische technieken en de data-analyse. Hierdoor zijn ze goed voorbereid op het werkveld, waar NGS steeds vaker wordt toegepast.

De toename van het gebruik van NGS, levert grotere hoeveelheden data op waardoor de behoefte aan bio-informatische data-analyses groeit. Wij streven ernaar in deze behoefte te voorzien en de bio-informatische kennis en vaardigen van studenten aan de opleiding Biologie en Medisch Laboratoriumonderzoek te versterken. In samenwerking met de vakgroep Bioinformatica worden data-analyse methoden ontwikkeld.  

Bacteriën gekweekt op kweekplaten met selectief medium
Lector Astrid Heikema bekijkt met stagiairs de door hun uitgevoerde DNA data analyse in Galaxy

Onze onderzoeksprojecten

We onderzoeken maatschappelijk relevante thema’s die waardevol zijn voor bijvoorbeeld voedselbereiding, farmaceutische of biotechnologische toepassingen. Bekijk hier onze lopende en afgeronde onderzoeksprojecten. 

Bekijk alle projecten

Samen onderzoeken?

Astrid Heikema

Lector Microbial Genomics
portretfoto van Astrid Heikema, lector toegepaste genomische microbiologie

Onze lector

Dr. Astrid Heikema is sinds november 2022 lector van de onderzoeksgroep Microbial Genomics. Zij ontwikkelt samen met bedrijven en studenten ideeën voor vernieuwend toegepast onderzoek. 

Meer over onze lector

Uitgelicht

Jaarlijks 100 miljoen euro extra voor praktijkgericht onderzoek

Nieuws | Onderzoek
Lees meerover Jaarlijks 100 miljoen euro extra voor praktijkgericht onderzoek
Logo praktijkgericht onderzoek

Microbioomdiversiteit in zebravislarven

Onderzoeksproject
Lees meerover Microbioomdiversiteit in zebravislarven
Twee onderzoekers van Foodlab bekijken en bespreken mengsel onder microscoop

Advanced Precision in Food Safety

Onderzoeksproject
Lees meerover Advanced Precision in Food Safety
Bacteriën gekweekt op kweekplaten met selectief medium

Ons netwerk

Samen met onze kennispartners, bedrijven, docenten en studenten werken we aan innoverende toepassingen die gezondheid, duurzaamheid, milieu en onderwijs vooruithelpen. Onderzoek je met ons mee?