Overslaan en naar de inhoud gaan Overslaan en naar de footer gaan Overslaan en naar de navigatie gaan
Zoeken

Fermentobiomics

Gefermenteerde voedingsproducten zoals desembrood, kefir en kombucha worden de laatste jaren steeds populairder. Bedrijven willen dus steeds meer van dit soort producten produceren. Om die bedrijven te helpen proberen we in dit project erachter te komen hoe fermentatie precies werkt. We bestuderen de microbiële samenstelling (fermentobioom) gedurende het fermentatieproces. Door verschillende omics-technieken te combineren hopen we zo het complexe fermentatieproces goed in kaart te brengen.

Contact

Ons doel

In dit RAAK-mkb-project willen we culturomics, metabolomics, metagenomics en bio-informatica gebruiken om het complexe fermentatieproces van kefir, kombucha en desem te analyseren. De kennis die we opdoen tijdens dit project willen we toegankelijk maken voor bedrijven die complexe fermentatieproducten produceren. 

Samenwerking

In dit project zijn producenten van verschillende complexe fermentatie producten actief betrokken en er wordt samengewerkt met kennisinstellingen en kenniscentra, zoals de Universiteit Leiden, GrainLabs en Broodheeren. 

Hoe komt alles samen?

Ons proces

Fermentatieproducten worden bereid met behulp van een complexe samenleving van micro-organismen. Deze complexiteit maakt het lastig om toezicht te houden op het fermentatieproces. Daarom is het bijvoorbeeld lastig om de effecten van grondstoffen en fermentatieomstandigheden te onderzoeken.

Momenteel proberen wij het fermentobioom te monitoren door middel van nanopore sequencing; een metagenomics techniek. Dit combineren we met de klassieke kweektechnieken (culturomics) om meer informatie te verkrijgen over de aanwezigheid van bepaalde micro-organismen en specifieke kweekomstandigheden en functies. Daarnaast maken we gebruik van metabolomics om de voorspelde eigenschappen van de gevonden micro-organismen te bevestigen. We gebruiken metabolomics ook om de aanwezigheid te bepalen van smaakbepalende componenten zoals suikers, vetzuren, organische zuren, phenolen en aminozuren. 

Geavanceerde bio-informatica methoden worden ingezet om de metagenomics- en metabolomics-data te analyseren. Zo verkrijgen we dieper inzicht in de samenstelling en potentiële functionaliteit van het fermentobioom.

Technieken

  • MALDI-TOF massaspectrometrie
  • Culturomics
  • Microscopie
  • Nanopore sequencing
  • UV-VIS
  • GC-MS
  • LC-DAD

Projectinformatie

Type project

Intern gefinancierde studentprojecten ter voorbereiding op externe financiering.
RAAK-mkb.

Looptijd

2 jaar

Status

Lopend

Onderzoeksgroep(en)

Foodlab, Bio-informatica

Projectleiding

Angelic van der Aar (BM), Floyd Wittink (BI)

Docentonderzoeker(s)

Jolanda van Schie (BM), Petra van der Stoop (BM),  

Analist(en)

Marian Bolk, Nikola, Marieke Eikenboom (BM), Nanda Koopman (Chemie), Marco van Klink (Chemie)

Student(en)

7 studenten BM 4e jaars.
2 studenten Chemie 4e jaars.

Partner(s)

Universiteit Leiden, Baseclear, YAYA Kombucha, Kefir-shop, Wateetons, Meneer Leffers, Bakkerij Pompernikkel, De Broodheeren, FG Restaurant, Grainlabs, Nederlandse Vereniging voor de Bakkerij (NVB), Restaurant Marque.

Onderzoeker onderzoekt buisje in het licht bij het raam