Onderzoeksgroep Environmental Metagenomics
Environmental Metagenomics ontwikkelt nieuwe methoden waarmee heel snel complexe biologische ecosystemen in lucht, water, bodem en mens of dier in kaart worden gebracht. Deze methoden ontwikkelen we niet alleen. De onderzoeksgroep Environmental Metagenomics is een gezamenlijke onderzoeksgroep van Hogeschool Leiden en Naturalis Biodiversity Center.
Werkwijze
Metagenomics gebruikt DNA/RNA om te bepalen welke (micro-)organismen aanwezig zijn. Door de vele toepassingen is metagenomics een belangrijke life science sleuteltechnologie. Met deze technologie kan meer grip gekregen worden op verantwoordelijk beheer en behoud van onze ecosystemen. De ontwikkeling van (nieuwe) methoden voor bemonstering, monstervoorbereiding en DNA sequencing staat bij ons centraal. Maar we houden ons ook bezig met datamanagement en bio-informatica.
Impact
De relatie tussen biodiversiteit en gezondheid (van mens, dier, plant) is hierbij een belangrijk inhoudelijk thema binnen Environmental Metagenomics. Dit thema sluit aan op de innovatieopgaven: landbouw, water en voedsel en gezondheid en zorg. Daarnaast is de doorwerking naar het onderwijs een belangrijk doelstelling van onze onderzoeksgroep.
Onderwijs
In nauwe samenwerking met onderwijsmanagers, docenten en studenten verbeteren we de life science opleidingen van Hogeschool Leiden met nieuwe inzichten. Dankzij onze onderzoeksgroep krijgt biodiversiteit een plek in de onderwijsprogramma’s. Hiermee vergroten studenten hun carrièremogelijkheden bij niet-medische sectoren zoals water, natuurbeheer, land- en tuinbouw. De lector neemt deel aan onderwijsadviescommissie (beroepenveldcommissie) van de opleiding Biologie en Medische Laboratoriumonderzoek (BM).
In 2022 is er gestart met de ontwikkeling van een biodiversiteitsmodule binnen de minor 'Biodiversiteit en gezondheid' van de opleiding BM. Deze module fungeert als het platform voor de integratie van onderzoek in het onderwijs. Daarnaast kunnen studenten deelnemen aan onderzoeksprojecten en onderzoeksstages.
Metagenomics maakt simpel gezegd zichtbaar wat onzichtbaar is middels genetische technieken.
Onze projecten
-
Omics in de PolderHet veenweidegebied in Nederland is bijzonder, maar staat ook onder druk. Het gebied is belangrijk voor landbouw, wonen, natuur,... Lees meerabout <span>Omics in de Polder</span>
-
BENIGNThe BluE and greeN Infrastructure desiGned to beat the urbaN heat (BENIGN) project aims to enhance our understanding of how blue and... Lees meerabout <span>BENIGN</span>
-
Hidden BiodiversityIn steden kun je veel verborgen biodiversiteit vinden. Samen met gemeenten, bedrijven, universiteiten en andere hogescholen proberen we,... Lees meerabout <span>Hidden Biodiversity </span>
-
Monitoring LuchtmonstersDe sector glastuinbouw is erg belangrijk voor Nederland en omvat 0.9% van het bruto binnenlands product. Een groot aantal planten en... Lees meerabout <span>Monitoring Luchtmonsters</span>
-
Biostimulanten: van bol tot bodemDe roep om verduurzaming in de bollensector is groot. De sector streeft ernaar om in 2030 minder afhankelijk te zijn van (chemische)... Lees meerabout <span>Biostimulanten: van bol tot bodem</span>
Samen onderzoeken?
Arjen Speksnijder
Lector Environmental Metagenomics
Onze lector
Sinds november 2020 staat Arjen Speksnijder aan het hoofd van de onderzoeksgroep Environmental Metagenomics van Hogeschool Leiden en Naturalis.
Uitgelicht
Rhinoceromics: Onderzoek naar de gezondheid van de zwarte neushoorn in de dierentuin (AFGEROND)
Onderzoeksproject
Lees meerover Rhinoceromics: Onderzoek naar de gezondheid van de zwarte neushoorn in de dierentuin (AFGEROND) 
Hogeschool Leiden en Naturalis starten lectoraat Metagenomics
Nieuws | Algemeen
Lees meerover Hogeschool Leiden en Naturalis starten lectoraat Metagenomics 
Smaken verschillen - Detectie van stoffen op een artificiële tong (AFGEROND)
Onderzoeksproject
Lees meerover Smaken verschillen - Detectie van stoffen op een artificiële tong (AFGEROND) 
Onze resultaten en publicaties
-
ArtikelSpeksnijder, A., Oog voor metagenomics - Hoe komt bekende en verborgen biodiversiteit met DNA-technologie tot leven?
Overige publicaties
Ons netwerk
Belangrijke bestaande kennispartners van onderzoeksgroep Metagenomics van Hogeschool Leiden en Naturalis Biodiversity Center zijn bijvoorbeeld het biotechnologiebedrijf BaseClear, Universiteit Leiden, Radbout Universiteit, de WUR, TU Delft, het Leids Universitair Medisch Centrum, LIOS, Land van Ons, Hoogheemraadschap van Rijnland, Samenwerkingsorgaan Holland- Rijnland, Gemeente Leiden.
Metagenomics nieuws
Deelnemers Leiden2022: Arjen Speksnijder
28 oktober 2021 | Onderzoek
Lector Metagenomics Arjen Speksnijder levert tijdens Leiden2022 een bijdrage aan meerdere thema's, waaronder hooikoorts, bodem en DNA.
Lees meerover Deelnemers Leiden2022: Arjen Speksnijder 
Lezing DNA-technieken en verborgen biodiversiteit
21 april 2022 | Algemeen
Lector Arjen Speksnijder bij Hogeschool Leiden en Naturalis, geeft op 25 april in Leiden een lezing over de toepassing van DNA-technieken en het Tulpenmanieproject in het kader van Wereld DNA Dag en wetenschapsfestival Leiden2022.
Lees meerover Lezing DNA-technieken en verborgen biodiversiteit 
Keutels zo groot als bowlingballen geven inzicht in gezondheidsproblemen bedreigde neushoorn
6 juli 2022 | Onderzoek
Zwarte neushoorns zijn een enorm bedreigde diersoort, zowel in het wild als in dierentuinen. Onderzoekers en studenten van Hogeschool Leiden doen onderzoek naar de gezondheidsproblemen van deze neushoorn.
Lees meerover Keutels zo groot als bowlingballen geven inzicht in gezondheidsproblemen bedreigde neushoorn 