Overslaan en naar de inhoud gaan Overslaan en naar de footer gaan Overslaan en naar de navigatie gaan
Zoeken

Onderzoeksgroep Environmental Metagenomics

Environmental Metagenomics ontwikkelt nieuwe methoden waarmee heel snel complexe biologische ecosystemen in lucht, water, bodem en mens of dier in kaart worden gebracht. Deze methoden ontwikkelen we niet alleen. De onderzoeksgroep Environmental Metagenomics is een gezamenlijke onderzoeksgroep van Hogeschool Leiden en Naturalis Biodiversity Center.

Werkwijze

Metagenomics gebruikt DNA/RNA om te bepalen welke (micro-)organismen aanwezig zijn. Door de vele toepassingen is metagenomics een belangrijke life science sleuteltechnologie. Met deze technologie kan meer grip gekregen worden op verantwoordelijk beheer en behoud van onze ecosystemen. De ontwikkeling van (nieuwe) methoden voor bemonstering, monstervoorbereiding en DNA sequencing staat bij ons centraal. Maar we houden ons ook bezig met datamanagement en bio-informatica. 

Impact

De relatie tussen biodiversiteit en gezondheid (van mens, dier, plant) is hierbij een belangrijk inhoudelijk thema binnen Environmental Metagenomics. Dit thema sluit aan op de innovatieopgaven: landbouw, water en voedsel en gezondheid en zorg. Daarnaast is de doorwerking naar het onderwijs een belangrijk doelstelling van onze onderzoeksgroep.

Stagiair Rens en Arjen op het sequencing lab

Onderwijs

In nauwe samenwerking met onderwijsmanagers, docenten en studenten verbeteren we de life science opleidingen van Hogeschool Leiden met nieuwe inzichten. Dankzij onze onderzoeksgroep krijgt biodiversiteit een plek in de onderwijsprogramma’s. Hiermee vergroten studenten hun carrièremogelijkheden bij niet-medische sectoren zoals water, natuurbeheer, land- en tuinbouw. De lector neemt deel aan onderwijsadviescommissie (beroepenveldcommissie) van de opleiding Biologie en Medische Laboratoriumonderzoek (BM)

In 2022 is er gestart met de ontwikkeling van een biodiversiteitsmodule binnen de minor 'Biodiversiteit en gezondheid' van de opleiding BM. Deze module fungeert als het platform voor de integratie van onderzoek in het onderwijs. Daarnaast kunnen studenten deelnemen aan onderzoeksprojecten en onderzoeksstages. 

Arjen Speksnijder | lector Environmental Metagenomics, Hogeschool Leiden
Metagenomics maakt simpel gezegd zichtbaar wat onzichtbaar is middels genetische technieken.

Onze projecten

Nanopore flowcellen
Bekijk alle projecten

Samen onderzoeken?

Arjen Speksnijder

Lector Environmental Metagenomics
Portretfoto lector Arjen Speksnijder

Onze lector

Sinds november 2020 staat Arjen Speksnijder aan het hoofd van de onderzoeksgroep Environmental Metagenomics van Hogeschool Leiden en Naturalis. 

Meer weten over de lector?

Uitgelicht

Rhinoceromics: Onderzoek naar de gezondheid van de zwarte neushoorn in de dierentuin (AFGEROND)

Onderzoeksproject
Lees meerover Rhinoceromics: Onderzoek naar de gezondheid van de zwarte neushoorn in de dierentuin (AFGEROND)
Zwarte neushoorn in dierentuin

Hogeschool Leiden en Naturalis starten lectoraat Metagenomics

Nieuws | Algemeen
Lees meerover Hogeschool Leiden en Naturalis starten lectoraat Metagenomics
foto van plantjes

Smaken verschillen - Detectie van stoffen op een artificiële tong (AFGEROND)

Onderzoeksproject
Lees meerover Smaken verschillen - Detectie van stoffen op een artificiële tong (AFGEROND)
close up van 3 laboratorium testbuisjes

Onze resultaten en publicaties

Ons netwerk

Belangrijke bestaande kennispartners van onderzoeksgroep Metagenomics van Hogeschool Leiden en Naturalis Biodiversity Center zijn bijvoorbeeld het biotechnologiebedrijf BaseClear, Universiteit Leiden, Radbout Universiteit, de WUR, TU Delft, het Leids Universitair Medisch Centrum, LIOS, Land van Ons, Hoogheemraadschap van Rijnland, Samenwerkingsorgaan Holland- Rijnland, Gemeente Leiden.   

 

Metagenomics nieuws

Nieuw lectoraat Toegepaste Genomische Microbiologie

3 november 2023 | Onderzoek
Hogeschool Leiden en BaseClear zetten samen in op een nieuw lectoraat Toegepaste Genomische Microbiologie om hun beider expertise op het gebied van microbiële genomics te vergroten. Dr. Astrid Heikema is aangesteld als gezamenlijke lector.
Lees meerover Nieuw lectoraat Toegepaste Genomische Microbiologie
foto van Astrid Heikema

Metagenomics: 'van neushoornpoep tot leven in de sloot'

15 november 2022 | Onderzoek
LEIDSCH DAGBLAD - Arjen Speksnijder kan een onzichtbaar ecosysteem in een liter slootwater in kaart brengen, of de tekortkomingen in het dieet van een neushoorn in de dierentuin vaststellen.
Lees meerover Metagenomics: 'van neushoornpoep tot leven in de sloot'
foto van een etende neushoorn

Keutels zo groot als bowlingballen geven inzicht in gezondheidsproblemen bedreigde neushoorn

6 juli 2022 | Onderzoek
Zwarte neushoorns zijn een enorm bedreigde diersoort, zowel in het wild als in dierentuinen. Onderzoekers en studenten van Hogeschool Leiden doen onderzoek naar de gezondheidsproblemen van deze neushoorn.
Lees meerover Keutels zo groot als bowlingballen geven inzicht in gezondheidsproblemen bedreigde neushoorn
foto van een etende neushoorn