Zoeken

Onderzoeksgroep Environmental Metagenomics

Environmental Metagenomics ontwikkelt en implementeert moderne DNA technieken om complexe biologische ecosystemen in lucht, water, bodem en mens of dier in kaart te brengen. Deze methoden ontwikkelen we niet alleen. De onderzoeksgroep Environmental Metagenomics is een gezamenlijke onderzoeksgroep van Hogeschool Leiden en Naturalis Biodiversity Center.

in het living-lab worden watermonsters genomen voor biodiversiteitsonderzoek

Werkwijze

Metagenomics technologie gebruikt DNA/RNA om te bepalen welke (micro-)organismen aanwezig zijn. Door de vele toepassingen is metagenomics een belangrijke life science sleuteltechnologie. Met deze technologie kan meer grip gekregen worden op verantwoordelijk beheer en behoud van onze ecosystemen. De ontwikkeling van (nieuwe) methoden voor bemonstering, monstervoorbereiding en next generation DNA sequencing staat bij ons centraal. Maar we houden ons daarmee ook bezig met datamanagement en bio-informatica. 

Impact

De relatie tussen biodiversiteit en gezondheid (van mens, dier, plant) is hierbij een belangrijk inhoudelijk thema binnen Environmental Metagenomics. Dit thema sluit aan op de innovatieopgaven: landbouw, water en voedsel en gezondheid en zorg. Daarnaast is de doorwerking naar het onderwijs een belangrijk doelstelling van onze onderzoeksgroep.

Stagiair Rens en Arjen op het sequencing lab

Onderwijs

In nauwe samenwerking met onderwijsmanagers, docenten en studenten verbeteren we de life science opleidingen van Hogeschool Leiden met nieuwe inzichten. Dankzij onze onderzoeksgroep krijgt biodiversiteit een plek in de onderwijsprogramma’s. Hiermee vergroten studenten hun carrièremogelijkheden bij niet-medische sectoren zoals water, natuurbeheer, land- en tuinbouw. De lector neemt deel aan onderwijsadviescommissie (beroepenveldcommissie) van de opleiding Biologie en Medische Laboratoriumonderzoek (BM). Daarnaast leveren we een bijdrage aan het HAVO beta programma en faciliteren we biodiversiteitssurveys in de stad Leiden tijdens de kennismakingsweek van de opleiding BM. 

In 2022 is er gestart met de biodiversiteitsmodule binnen de minor 'Biodiversiteit en gezondheid' van de opleiding BM en voortgezet in een keuzevak microbial dynamics. Dit keuzevak fungeert als het platform voor de integratie van onderzoek in het onderwijs. Daarnaast kunnen studenten deelnemen aan onderzoeksprojecten en onderzoeksstages. 

Arjen Speksnijder | lector Environmental Metagenomics, Hogeschool Leiden
Environmental Metagenomics maakt simpel gezegd verborgen biodiversiteit zichtbaar middels genetische technieken.

Team

  • Arjen Speksnijder
  • Marijn Knip
  • Anita Dirks
  • Marc Besseling
  • Rob Pastoor
  • Ken Kraaijeveld

Contractonderzoek

We voeren contractonderzoek uit voor telers zoals bodemanalyses in de hyacintenteelt. 

Met een front office leveren we services op het gebied van identificatie van niet humane sporen en dieetanalyses bij vogels en zoogdieren in het kader van wild life conservation.

Lees meer

Onze projecten

Nanopore flowcellen

  • Omics in de Polder

    (afgerond)
    Het veenweidegebied in Nederland is bijzonder, maar staat ook onder druk. Het gebied is belangrijk voor landbouw, wonen, natuur, recreatie, wegen en wateropslag. Maar door klimaatverandering, de afname van de verschillende soorten planten en dieren, bodemdaling en de vraag naar meer huizen, is er veel discussie. We kijken hoe we het gebied anders kunnen inrichten. Zo willen we de landbouw verduurzamen en meer natuur in het gebied brengen.

  • BENIGN

    The BluE and greeN Infrastructure desiGned to beat the urbaN heat (BENIGN) project aims to enhance our understanding of how blue and green infrastructure at the building and neighborhood scale influence urban healthy living conditions.

  • Hidden Biodiversity

    In steden kun je veel verborgen biodiversiteit vinden. Samen met gemeenten, bedrijven, universiteiten en andere hogescholen proberen we, aangevoerd door Naturalis, de verborgen biodiversiteit van verschillende steden bloot te leggen.

  • Biostimulanten: van bol tot bodem

    (afgerond)
    De roep om verduurzaming in de bollensector is groot. De sector streeft ernaar om in 2030 minder afhankelijk te zijn van (chemische) gewasbeschermingsmiddelen. Alternatieve methoden en technieken zullen in de komende jaren ontwikkeld en onderzocht moeten worden. Een voorbeeld daarvan is de inzet van biostimulanten. Biostimulanten kunnen microbiële, niet microbiële stoffen of combinaties van beide bevatten. De werking van deze producten kan zich zowel op de bodem als de plant richten. Dit gebeurt door het gebruik van nutriënten door de plant efficiënter te maken en de beschikbaarheid van nutriënten in de bodem te vergroten.

  • Monitoring Luchtmonsters

    De sector glastuinbouw is erg belangrijk voor Nederland en omvat 0.9% van het bruto binnenlands product. Een groot aantal planten en plantaardige producten wordt geteeld onder glas: potplanten, glasgroenten, zacht-fruit en snijbloemen. De glastuinbouw in Nederland voldoet aan strenge fytosanitaire eisen, mede dankzij slimme monitorings- en detectietechnologie. Echter, momenteel worden er nog geen luchtmonsters geanalyseerd op de aanwezigheid van ziekteverwekkers in de lucht. Met de PPS Air Monitoring willen we dit hiaat dichten
Bekijk alle projecten

Samen onderzoeken?

Arjen Speksnijder

Lector Environmental Metagenomics
Portretfoto lector Arjen Speksnijder

Onze lector

Sinds november 2020 staat Arjen Speksnijder aan het hoofd van de onderzoeksgroep Environmental Metagenomics van Hogeschool Leiden en Naturalis. 

Meer weten over de lector?

Ons netwerk

Belangrijke bestaande kennispartners van onderzoeksgroep Environmental Metagenomics van Hogeschool Leiden en Naturalis Biodiversity Center zijn bijvoorbeeld Universiteit Leiden, Radbout Universiteit, de WUR, TU Delft, het Leids Universitair Medisch Centrum, LIOS, Land van Ons, Hoogheemraadschap van Rijnland, Samenwerkingsorgaan Holland- Rijnland, Gemeente Leiden.   

 

Gekleurd koraal in de zee

Overige publicaties

Onze publicaties

Metagenomics nieuws

Toekomstbestendige scholen: project ‘School Greenovation’ van start

6 mei 2026 | Onderzoek
Hoe transformeren we bestaande scholen tot gebouwen die niet alleen klimaatbestendig zijn, maar ook een actieve bijdrage leveren aan de natuur en het welzijn van leerlingen? Met een subsidie van 3 miljoen euro uit de NWO-regeling voor klimaatbestendige gebouwen start een groot onderzoeksproject met deelname van Hogeschool Leiden: School Greenovation.
Lees meerover Toekomstbestendige scholen: project ‘School Greenovation’ van start
Onderzoekers van het onderzoeksproject School Greenovation.

LCAB ontvangt RAAK-mkb subsidie voor innovatie in Callateelt

22 april 2026 | Onderzoek
Het Leiden Centre for Applied Bioscience (LCAB) heeft een RAAK-mkb subsidie toegekend gekregen voor een omvangrijk nieuw onderzoeksproject in de sierteelt. Onder leiding van lector Arjen Speksnijder gaat een breed consortium onderzoeken hoe de uitval in de teelt van Calla’s (Zantedeschia) drastisch verminderd kan worden door slimme inzet van het microbioom.
Lees meerover LCAB ontvangt RAAK-mkb subsidie voor innovatie in Callateelt
Foto van een calla lelie

Onderzoek naar bemesting, pesticiden en biodiversiteit in de race voor award

29 oktober 2025 | Onderzoek
Een onderzoeksproject van Hogeschool Leiden naar de invloed van bestrijdingsmiddelen en bemesting op de bodem en het oppervlaktewater is genomineerd voor de RAAK-award. Dat is de prijs voor het beste praktijkgerichte onderzoek van Nederland. De stembus voor de publieksprijs is geopend.
Lees meerover Onderzoek naar bemesting, pesticiden en biodiversiteit in de race voor award
Onderzoekers en studenten aan het werk in de polder