Nanopore sequencing (MinION) - NIEUW
- Cursus
- Bio-informatica
- Start 19 september 2023
- Duur 3 dagen
- Nederlandstalig
- Bewijs van deelname
In het kort
De cursus is vol. Heb je interesse in deze cursus, vul dan het interesseformulier (rechts) in en we brengen je op de hoogte zodra er nieuwe data bekend zijn.
Leer overal DNA sequencen met de MinION! Met het draagbare systeem van Oxford NanoPore Technologies (ONT) kun je op locatie real-time sequencen, zonder grote apparaten of rekenclusters. Altijd al nieuwsgierig geweest en nu klaar om de MinION in je lab te gaan gebruiken?
Tijdens deze 2,5 daagse cursus doorlopen we een volledig sequencing experiment met het ONT systeem. Na de nodige achtergrond duiken we het lab in, en op de laatste dag analyseren we de data.
Voor wie
Laboratoriumanalisten die met ONT systemen werken of willen gaan werken. Deze cursus is op HBO werk- en denkniveau.
Centrum Bioscience en Diagnostiek
Deze cursus maakt onderdeel uit van het nascholingsaanbod van het Centrum Bioscience en Diagnostiek (CBD). Het vakgebied life science en health staat nooit stil. Samen met diverse partners uit het werkveld ontwikkelt het CBD daarom opleidingen en nascholingen die inspelen op wat er, nu én in de toekomst, nodig is in de sector.
Nieuwsgierig? Bekijk het actuele opleidingsaanbod.
Vragen? Neem contact met ons op.
Wat je leert
Tijdens deze gecombineerde theorie/praktijkcursus worden achtergronden, mogelijkheden en toepassingen van DNA sequencing met een MinION behandeld.
Theorie:
- Werking en gebruik nanopore sequencining
- Mogelijke toepassingen nanopore sequencing en vergelijking met andere sequencing platformen
- Overwegingen bij DNA isolatie voor nanopore sequencining
- Sample preparatie
- Verschillende producten ONT en hun mogelijkheden
Labpraktijk:
- Quality Control MinION flowcellen
- Quality control DNA sample
- Bead zuivering
- Library prep uitvoeren voor nanopore sequencing
- QC met de Qubit
- Poolen van meerdere samples voor analyse
- MinION software instellen en gebruiken
- Library laden
- MinION runnen
- Real-time voortgang bekijken: data productie en basecalling
- Troubleshooting mogelijkheden tijdens de run
Computerpraktijk
- Run bekijken in ONT analysedashboard
- Beperkte data-analyse met focus op datakwaliteit
- Biologische conclusie trekken uit de data met Galaxy
Deze cursus is in samenwerking met Oxford Nanopore Technologies tot stand gekomen. Beeld: Oxford Nanopore Technologies.
Vergelijkbare cursussen
Meer leren over sequencing? Het CBD biedt ook nog de basiscursus ‘Introductie Next Generation Sequencing’ en de gevorderden cursus ‘Analyse van Next Generation Sequencing (NGS) Data’ aan.
Breder met data aan de slag? Dan is de cursus ‘Data visualisatie en analyse met R’ misschien iets voor jou!
Programma
De cursus MinION DNA sequencing bestaat uit 2,5 lesdagen. Tijdens deze combinatie van theorie, lab- en computerpraktijk, doorlopen we een MinION experiment van begin tot einde.
We starten met geïsoleerd en geamplificeerd DNA, maken een library en doen de kwaliteit controle op het sample en de flowcel. We zetten een MinION run in, bekijken de real-time read data, en bespreken mogelijke interventies om te trouble shooten. Op de laatste dag analyseren we de data onder begeleiding van bioinformatici.
Lesdag 1
In de ochtend start je met de theorie van het nanopore sequencing systeem, waarbij we de werking en techniek uitleggen. Ook behandelen we de mogelijke toepassingen en vergelijken we ONT met andere sequencing systemen. In de middag ga je samen met de docenten het lab op. We doen de benodigde kwaliteitscontrole van de flowcellen en ons DNA uitgangsmateriaal.
Lesdag 2
Deze dag ga je een volledige Nanopore sequencing run uitvoeren onder begeleiding van onze deskundige docenten. We werken het materiaal op met een Oxford Nanopore kit, voeren een library prep uit met magnetische bead zuivering en gebruiken de Qubit voor de kwaliteitscontrole. Na het poolen van samples laden we de flowcellen, starten de run en bekijken we in real time de data-productie . We bespreken strategieën en interventies om de kwaliteit verbeteren.
Lesdag 3
We analyseren de data van de run van gisteren met het ONT dashboard en met een in-house Galaxy pipeline met daarin verschillende programma's, onder begeleiding van Bioinformatica onderzoekers.
Deze cursus wordt verzorgd door onze docenten Floyd Wittink, Ken Kraaijeveld en Jeroen Pijpe.
Floyd Wittink
Floyd Wittink is moleculair bioloog met affiniteit voor computers. Zo is hij in het vak Bio-informatica gegroeid. Voor het CBD verzorgt hij onder andere cursussen op het gebied van next generation sequencing. Hij is gepromoveerd op een onderwerp in de ontwikkelingsbiologie aan de Radboud Universiteit Nijmegen. Tijdens zijn promotie merkte hij het belang van de balans tussen onderwijs en onderzoek. Daarna heeft Floyd veel praktijkervaring opgedaan, hij richtte onder andere een microarray lab op bij de Universiteit Utrecht en heeft een facilitair microarray lab geleid bij de Universiteit van Amsterdam.
“Lesgeven aan post-hbo’ers is een cadeautje. Zij brengen hun eigen expertise en specifieke vragen mee.”
Ken Kraaijeveld
Ken Kraaijeveld is evolutionair bioloog. Hij doet allerlei DNA-onderzoek bij het Leiden Centre of Applied Bioscience: van het bodemleven in tulpenvelden tot het Y chromosoom van de zwarte neushoorn. Ook geeft hij les bij de opleiding Bio-informatica aan de Hogeschool leiden, met name op vakken over Next Generation Sequencing. Ingewikkelde dingen op een toegankelijke manier uitleggen doet hij zowel graag in zijn lessen als op papier; zo schreef hij ook het populair-wetenschappelijke boek ‘Waarom je hond geen fruit hoeft te eten’.
"Meer weten van DNA verrijkt je kijk op het leven".
Jeroen Pijpe
Jeroen Pijpe is 9 jaar als docent werkzaam bij de opleiding bio-informatica van de Hogeschool Leiden waar hij lessen ontwerpt en geeft over o.a. genetica, statistiek en genomics. Hij is opgeleid als onderzoeker in evolutionaire genetica en heeft werkervaring in de evolutiebiologie en genoombiologie van mens en dier.
Voor alle trainingen van het Centrum Bioscience en Diagnostiek is het mogelijk om een maatwerktraject samen te stellen. De kracht hiervan is dat we tijdens de training direct kunnen inspelen op de unieke werksituatie en trainingsbehoeften van jouw organisatie. Je kunt hierbij kiezen voor een incompanytraining voor een groep medewerkers of een individueel traject.
Meer informatie aanvragen?
Ben je benieuwd naar de mogelijkheden van een maatwerktraject voor jouw organisatie, neem dan vrijblijvend contact met ons op via 071-5188743/753 of [email protected].
Schrijf je in voor de cursus
De eerstvolgende cursus Nanopore sequencing (MinION) gaat van start op 19 september 2023.
Deze cursus in inmiddels vol. Heb je interesse in deze cursus, vul dan het interesseformulier hieronder in en we brengen je op de hoogte zodra er nieuwe data bekend zijn.
Bij inschrijving voor 11 juli 2023 ontvang je vroegboekkorting. Ook is het mogelijk om een kortingsregeling te krijgen bij inschrijving van twee of meer deelnemers van dezelfde afdeling van een bedrijf. Voor alle post-hbo opleidingen, cursussen, workshops, masterclasses en maatwerktrajecten gelden de algemene leveringsvoorwaarden van Hogeschool Leiden.
Praktische informatie
Ben je van plan om deel te nemen aan de cursus Introductie Next Generation Sequencing? Bekijk hier de praktische informatie over de data, lestijden en de kosten.
Doelgroep
Laboratoriumanalisten die met ONT systemen (MinION, GridION, PromethION) werken of willen gaan werken.
Cursusniveau
Deze cursus is op HBO werk- en denkniveau.
Cursusdata
19, 20, 21 september 2023
Lestijden
09.00-17.00 uur, laatste dag 09.00-14.30 uur
Omvang in uren
3 uur theorie en 17 uur computerpracticum (28 UEC)
Getuigschrift
Bewijs van deelname
Inschrijfdatum
De cursus is vol. Heb je interesse in deze cursus, vul dan het interesseformulier in en we brengen je op de hoogte zodra er nieuwe data bekend zijn.
Cursusprijs
€ 2.020,- (bij inschrijving vóór 11 juli 2023 € 1.900,-)
Centrum Bioscience en Diagnostiek (CBD)
Het vakgebied life science en health staat nooit stil. Samen met diverse partners uit het werkveld ontwikkelt het CBD daarom opleidingen en nascholingen die inspelen op wat er, nu én in de toekomst, nodig is in de sector.