Verantwoording 2021
De verantwoording over 2021 van het lectoraat Genome-based Health over de bijdrage aan de beroepspraktijk en maatschappij, aan onderwijs en professionalisering en aan kennisontwikkeling.
Beroepspraktijk en maatschappij
Bij het lectoraat wordt gewerkt aan verschillende onderzoeksprojecten:
Check de Test
Dit project onderzoekt de analytische en wetenschappelijke validiteit van genetische zelftesten. In samenwerking met partners ontwikkelen we onderwijsmateriaal voor studenten van (para)medische studies, voorlichtingsmateriaal voor (para)medische professionals en voor het algemene publiek.
Smaken verschillen – detectie van stoffen op een artificiële tong
Dit project ontwikkelt in samenwerking met Wageningen Plant Research nieuwe constructen voor smaak- en geurreceptoren voor een nieuwe versie van de tong-op-een-chip, waarmee de aanwezigheid van specifieke smaak- en geurstoffen in diverse voedingsmiddelen op een objectieve en gevoelige wijze vastgesteld kan worden. Voor het maken van deze constructen wordt de seamless cloning strategie gebruikt. De focus ligt in eerste instantie op de bitterreceptor TAS2R8.
Innovating the trainer’s toolbox
In dit project uitgevoerd in samenwerking met het Leiden Genome Technology Center zijn RNA-monsters van deelnemers aan de EPO-studie van het Center for Human Drug Research gesequencet om verschillen in genexpressie te meten voor en na een inspanningstest. De data worden met een nieuwe pijplijn opnieuw blind geanalyseerd om na te gaan of er onderscheid is tussen deelnemers die met EPO of een placebo behandeld zijn.
Onderwijs en professionalisering
Activiteiten van het lectoraat die betrokkenheid tonen van docenten en studenten.
Deskundigheidsbevordering docenten
In het kader van deskundigheidsbevordering biedt het lectoraat ruimte aan docenten om te participeren in onderzoeksprojecten waarbij vakinhoudelijke kennis wordt geactualiseerd. In 2021 waren twee docenten bij het lectoraat werkzaam als docentonderzoeker, een van de opleiding Biologie en Medisch Laboratoriumonderzoek (BM) en een van de opleiding Bio-informatica. Het lectoraat werkt daarnaast nauw samen met de vakgroepleider en docentonderzoekers van de vakgroep Bio-informatica.
Bijdrage aan het onderwijs
Door het lectoraat zijn in totaal drie colleges voor studenten van de applied science opleidingen ontwikkeld en gegeven. Het lectoraat heeft vanuit de lopende onderzoeksprojecten 12 praktijkopdrachten beschikbaar gesteld voor onderwijsonderdelen. Hierop hebben in totaal 25 studenten vanuit een minor, projectonderwijs, afstuderen en het honoursprogramma ervaring opgedaan met praktijkgericht onderzoek.
Omdat gastheerfactoren een rol spelen bij het beloop van covid-19 infecties, leveren sommige genetische zelftesten uitslagen over de genetische predispositie voor ernstige covid-19. Literatuur- en database-onderzoek naar deze gastheerfactoren is opgenomen in opdrachten voor de B10Pro-module van de opleiding BM. Voor een andere onderwijsopdracht is informatie over genetische varianten gecontroleerd in OMIA, een internationale database van erfelijke aandoeningen bij dieren. De juiste beschrijving van varianten bij honden is belangrijk voor het voorkomen en de diagnostiek van problemen door inteelt. BM-studenten leren hierbij databases en computerprogramma’s te gebruiken die ook in de humane genetica worden toegepast. Bovendien zijn deze activiteiten goed uitvoerbaar in deeltijd door studenten met beperkingen.
Voor het Check de test project heeft de lector een afstudeerstudent begeleid die in mei een online introductie over genetische zelftesten heeft verzorgd en een practicum heeft begeleid voor tweedejaarsstudenten van Avans Hogeschool Breda in samenwerking met docenten aldaar. Studenten kregen hierbij ieder een variant van een genetische zelftest om de wetenschappelijke validiteit van gegeven uitslag te bepalen. Dit onderdeel is verder doorontwikkeld voor tweede- en derdejaarsstudenten van Avans en Hogeschool Leiden.
Kennisontwikkeling
De lector heeft deelgenomen aan verschillende (inter)nationale conferenties: de Health-Research Infrastructure Meeting op 4 maart 2021, de PacBio SMRT sequencing conferentie op 25 maart 2021, Personal Genomes meeting op 28-30 april 2021, Medical Delta DNA sequencing en personalized medicine meeting op 17 juni 2021 en de NACGG voorjaarsmeeting op 25 juni 2021.
Voor het onderzoek binnen het lectoraat GBH worden steeds hogere eisen gesteld aan ethische toetsing, omgang met privacy en goed datamanagement. Daarom heeft het lectoraat informaticastudenten van de specialisatie Business Datamanagement ingezet als datasteward. Zij onderzoeken de verschillende aspecten van de opslag en beveiliging van genetische data met diverse middelen, waaronder een Data Privacy Impact Assessment. Daarnaast werken zij aan het opstellen van een verwerkersovereenkomst met betrekking tot data van het Check de test project.
Overleg met de Gezondheidsraad heeft bijgedragen aan meer duidelijkheid over de manier waarop genetisch onderzoek zonder medische indicatie in Nederland met proefpersonen mag worden uitgevoerd.
Contractonderwijs
De lector heeft via het Centrum Bioscience en Diagnostiek (CBD) samen met de vakgroepleider Bio-informatica in juni 2021 een cursus verzorgd voor bijscholing van in totaal 19 vakgenoten op het gebied van Analyse van Next-gen sequencing data.
De lector neemt deel aan de Next Generation Sequencing besprekingen van het LUMC.