Verantwoording 2018
De verantwoording over 2018 van het lectoraat Genome-based Health over de bijdrage aan de beroepspraktijk en maatschappij, aan onderwijs en professionalisering en aan kennisontwikkeling.
Beroepspraktijk en maatschappij
De lector had regelmatig contact met organisaties die in de sportwereld en in de gezondheidszorg actief zijn om onderzoeksvragen op te halen ter voorbereiding van projectaanvragen. Het ging daarbij vaak over de mogelijkheden van genexpressie-analyse voor de detectie van de gezondheidstoestand en het aanbieden van training en behandeling op maat. De gebruikte technieken zijn ook toepasbaar op andere organismen, zoals plantenschimmels. Daarom is het lectoraat uitgenodigd door de HAN om deel te nemen aan de RAAK-PRO-aanvraag Duurzame Gewasbescherming.
De lector neemt deel aan het lectorennetwerk van het domein Applied Science en diverse themabijeenkomsten zoals de groepsdiscussie kennisvergroting van “Leiden Kennisstad”, en de internationaliseringsbijeenkomst van SIA. In het kader van de Nationale Wetenschapsagenda zijn netwerkbijeenkomsten bezocht en nieuwe contacten opgedaan die tot deelname aan een NWA-vooraanvraag hebben geleid.
Bij het lectoraat ging de aandacht in 2018 uit naar de volgende projecten:
RAAK publiek-project “Monitoring van trainingseffecten”
Dit onderzoek is in samenwerking met het LUMC, de VU, Hogeschool van Amsterdam, NOC*NSF en sportbonden uitgevoerd bij recreatief getrainde wielrenners om de mogelijkheden van monitoring van trainingseffecten met genexpressie-analyse op basis van RNA-sequencing te bepalen. Deze monitoring beoogt betere afstemming van training op het individu te faciliteren. Na de pilotstudie met 8 proefpersonen is een hoofdstudie met 28 wielrenners uitgevoerd. De analyse van de trainingsdata en de genexpressiedata is in volle gang. Er zijn twee bijeenkomsten georganiseerd in Leiden voor de consortiumleden op 7 februari en 7 juni. Daar zijn presentaties gegeven over de voortgang van het onderzoek door zowel de lector als consortiumpartners.
VIMP-project “Genetische testen in de sportwereld: Wat kunnen we ermee?”
In het verlengde van het RAAK publiek-project is een VIMP-subsidie voor implementatie van verkregen kennis verkregen. Dit omvat een inventarisatie van de genetische kennis bij trainers, (sport)fysiotherapeuten en (sport)artsen en van het aanbod van informatie vanuit opleidingen of nascholingsinstanties om kennishiaten op te vullen. Genoemde professionals zullen uiteindelijk over de resultaten van genetische testen met atleten moeten communiceren en een training of behandeling op maat moeten aanbieden.
RAAK publiek-project “With the help of my little friends”
Dit project is een samenwerking met de lectoraten Innovatieve Diagnostiek en Metabolomics binnen het LCAB. Het beoogt te onderzoeken of er een relatie bestaat tussen de samenstelling van de darmmicrobiota en/of metabolieten en het ontstaan van maagdarmklachten tijdens duurinspanning. Het onderzoek zal worden uitgevoerd voorafgaand aan en tijdens de halve of hele marathon van Leiden in 2019. Na medisch-ethische toetsing in het najaar zijn de voorbereidingen met de consortiumpartners LUMC, VU, NOC*NSF, MyMicroZoo, Winclove gestart.
Het lectoraat draagt ook bij aan het RAAK-PRO–project “DIAgRaMs” van Hogeschool Utrecht. Dit project beoogt fietsergometertesten te valideren voor gebruik bij onderzoek naar effecten van voedingssupplementen op darmdoorlaatbaarheid. Het lectoraat ziet genexpressie-analyse als een aanvullende methode om nieuwe biomarkers voor deze effecten te ontdekken. Inmiddels worden de data van RNA-sequenties uit bloedmonsters door de vakgroep bio-informatica van het LCAB geanalyseerd.
Het lectoraat heeft eveneens een bijdrage geleverd voor de bio-informatica-applicatie AViDE (An interactive data visualization application for gene expression) en de Vragenlijst Genetische kennis en gebruik genetische testinformatie in de sportwereld. Deze laatste is gebruikt voor inventarisatie van genetische kennis binnen de doelgroep van het VIMP-project: coaches, (sport)fysiotherapeuten, (sport)artsen.
De lector heeft bijgedragen aan de ontwikkeling van internationale standaarden en richtlijnen voor genetische en genomische databases tijdens teleconferenties van de Gene and Disease-Specific DataBase Advisory Council, de International Scientific Advisory Council, de International Confederation of Countries Advisory Council van het Human Variome Project. In dit kader is hij ook benaderd voor advies over de juiste referentiesequenties t.b.v. Belgische richtlijnen voor de rapportage van somatische varianten in de DNA-diagnostiek.
Onderwijs en professionalisering
De lector en de associate lector verzorgden diverse gast- en hoorcolleges en onderzoeksopdrachten binnen de opleidingen Bio-informatica en Biologie en Medisch laboratoriumonderzoek van Hogeschool Leiden. Twee docenten hebben deelgenomen aan de activiteiten van het lectoraat in het kader van hun professionalisering. Het lectoraat heeft in diverse projecten data en tools gegenereerd die voor onderwijs- en nascholingsdoeleinden beschikbaar zijn.
De lector heeft daarnaast in het kader van RAAK publiek-project “Monitoring van trainingseffecten” een Praktijkopdracht Fysiotherapie over bewegingsmonitoring en maximale inspanningstesten verzorgd voor vier studenten van de opleiding Fysiotherapie van de faculteit Gezondheidszorg. De lector en de associate lector verzorgden nascholingscursussen op het gebied van Variant calling en NGS-data analyse voor het CBD.
Daarnaast deden in totaal 21 studenten en twee docenten vanuit diverse onderwijsonderdelen praktijkervaring op bij het lectoraat door te participeren in een onderzoeksproject. Hierbij waren 2 verdiepende honoursstudenten betrokken, naast de afstudeerders Zgjim Osmani (Monitoring training effectiveness in peripheral blood with gene expression profiling [8-maanden B&M project. Supervisie Peter Taschner, december 2017 - juli 2018]), Kevin van Rooijen (A FAIR solution to a database containing data associated with exercise and training [9-maanden bio-informatica project. Supervisie Floyd Wittink en Peter Taschner, februari 2018-januari 2019]) en Nathalie Janssen (Monitoring of training effects with gene expression patterns [8-maanden B&M project. Supervisie Peter Taschner, september 2018 - juli 2019]).
De lector en de associate lector hebben wekelijks overleg met bij het onderzoek betrokken studenten.
In het kader van de deskundigheidsbevordering van docenten op het gebied van praktijkgericht onderzoek doen hebben 5 docenten van Avans Hogeschool Breda en 2 docenten van Hogeschool Rotterdam deelgenomen aan de VEP-cursus van Avans Hogeschool Breda op 10 april 2018 waar de lector een lezing over het gebruik van genetische variant databases heeft gegeven. Onderzoeker Karlijn te Poele, werkzaam op het RAAK publiek-project “Monitoring van trainingseffecten”, heeft de Basiscursus Regelgeving en Organisatie voor Klinisch onderzoekers (BROK) doorlopen en heeft na het examen op 25 september het bijbehorend certificaat behaald.
Kennisontwikkeling
De bijdrages van de lector aan publicaties in wetenschappelijke tijdschriften en vaktijdschriften zijn te vinden op deze pagina. Daarnaast heeft de lector heeft de op volgende congressen en symposia zijn kennis gedeeld:
- “AViDE - An interactive data visualization application for gene expression” (Stephen Pieterman, Peter Taschner, Floyd Wittink) op DAS Conferentie (Utrecht, 29 maart 2018), BioSB, (Lunteren, 15-16 mei 2018) en Genome Informatics (EBI Hinxton, 17-20 september 2018).
Kevin van Rooijen, Peter Taschner, Floyd Wittink:
- “A FAIR solution to a database containing data associated with exercise and training (Kevin van Rooijen, Peter Taschner, Floyd Wittink)”. BioSB, (Lunteren, 15-16 mei 2018) en de DTL Communities@Work conference (Jaarbeurs Utrecht, 2 oktober 2018).
Als lid HGVS/HVP/HUGO Sequence Variant Description Working Group (SVD-WG) heeft hij als tutor een deel van de cursus Genetische Nomenclatuur verzorgd voor de bijeenkomst van de European Society of Human Genetics in Milaan op 15 juni 2018.