Nanopore sequencing (MinION)

Programma cursus Nanopore sequencing (MinION) (wijzigingen voorbehouden)

Lesdag 1
In de ochtend start je met de theorie van het nanopore  sequencing systeem, waarbij we de werking en techniek uitleggen. Ook behandelen we de mogelijke toepassingen en vergelijken we ONT met andere sequencing systemen. In de middag ga je samen met de docenten het lab op. We doen de benodigde kwaliteitscontrole van de flowcellen en ons DNA uitgangsmateriaal.

Lesdag 2
Deze dag ga je een volledige Nanopore sequencing run uitvoeren onder begeleiding van onze deskundige docenten. We werken het materiaal op met een Oxford Nanopore kit, voeren een library prep uit met magnetische bead zuivering en gebruiken de Qubit voor de kwaliteitscontrole. Na het poolen van samples laden we de flowcellen, starten de run en bekijken we in real time de data-productie . We bespreken strategieën en interventies om de kwaliteit verbeteren.

Lesdag 3
We analyseren de data van de run van gisteren met het ONT dashboard en met een in-house Galaxy pipeline met daarin verschillende programma's, onder begeleiding van Bioinformatica onderzoekers.

- Werking en gebruik nanopore sequencing
- Mogelijke toepassingen nanopore sequencing en vergelijking met andere sequencing platformen
- Overwegingen bij DNA isolatie voor nanopore sequencing
- Sample preparatie
- Verschillende producten ONT en hun mogelijkheden

- Quality Control MinION flowcellen
- Quality control DNA sample
- Bead zuivering
- Library prep uitvoeren voor nanopore sequencing
- QC met de Qubit
- Poolen van meerdere samples voor analyse
- MinION software instellen en gebruiken
- Library laden
- MinION runnen
- Real-time voortgang bekijken: data productie en basecalling
- Troubleshooting mogelijkheden tijdens de run

- Run bekijken in ONT analysedashboard
- Beperkte data-analyse met focus op datakwaliteit
- Biologische conclusie trekken uit de data met Galaxy

Deze cursus is in samenwerking met Oxford Nanopore Technologies tot stand gekomen. 

Deze cursus wordt verzorgd door onze docenten Floyd Wittink, Ken Kraaijeveld en Jeroen Pijpe.

Floyd Wittink is moleculair bioloog met affiniteit voor computers. Zo is hij in het vak Bio-informatica gegroeid. Voor het CBD verzorgt hij onder andere cursussen op het gebied van next generation sequencing. Hij is  gepromoveerd op een onderwerp in de ontwikkelingsbiologie aan de Radboud Universiteit Nijmegen. Tijdens zijn promotie merkte hij het belang van de balans tussen onderwijs en onderzoek. Daarna heeft Floyd veel praktijkervaring opgedaan, hij richtte onder andere een microarray lab  op bij de Universiteit Utrecht en heeft een facilitair microarray lab geleid bij de Universiteit van Amsterdam.  

Ken Kraaijeveld is evolutionair bioloog. Hij doet allerlei DNA-onderzoek bij het Leiden Centre of Applied Bioscience: van het bodemleven in tulpenvelden tot het Y chromosoom van de zwarte neushoorn. Ook geeft hij les bij de opleiding Bio-informatica aan de Hogeschool leiden, met name op vakken over Next Generation Sequencing. Ingewikkelde dingen op een toegankelijke manier uitleggen doet hij zowel graag in zijn lessen als op papier; zo schreef hij ook het populair-wetenschappelijke boek ‘Waarom je hond geen fruit hoeft te eten’.

Voor al het onderwijs van het Centrum Bioscience en Diagnostiek is het mogelijk om een maatwerktraject (incompany training) samen te stellen. De kracht hiervan is dat we tijdens de cursus direct kunnen inspelen op de unieke werksituatie en trainingsbehoeften van jouw organisatie. Je kunt hierbij kiezen voor een maatwerktraject voor een groep medewerkers of een individueel traject.

Meer informatie aanvragen?
Ben je benieuwd naar de mogelijkheden van een maatwerktraject voor jouw organisatie, neem dan vrijblijvend contact met ons op via 071-5188743/753 of [email protected].