Metatranscriptoom van Kombucha
Binnen een ingewikkelde groep organismen willen we niet alleen weten welke soorten er zijn, maar ook welke taken of functies deze groep organismen uitvoert. Zoals bij Kombucha, bijvoorbeeld. Binnen dit project onderzoeken we dus, naast de identificatie van wie er allemaal zijn, ook wat ze precies doen binnen de groep.
Het doel
We hopen met deze analyses meer te kunnen zeggen over de fermentatieprocessen en de manier waarop deze beïnvloed kunnen worden. Daarnaast zal dit een proof of concept zijn om metatranscriptomoics bij metagenoom projecten in te kunnen zetten.
Contact
Foodlab
Leiden Centre for Applied Bioscience
Hoe en wat
In dit project focussen we ons op:
- Metaboloom analyses: Onderzoek naar de stoffen die worden geproduceerd.
- Metatranscriptoom analyses: Onderzoek naar het gebruik van genetische informatie door organismen.
Metatranscriptomics geeft aan welk deel van de genetische informatie gebruikt wordt en kan richting geven aan de te gebruiken strategie bij metabolomics. Het analyseren van het metatranscriptoom van Kombucha is een echte uitdaging door de combinatie van bacteriën en gisten die hierin aanwezig zijn.
Technieken
- RNA-isolatie
- RNA sequencing
Projectinformatie
Type project
Intern gefinancierd
Looptijd
2 jaar
Status
Lopend
Onderzoeksgroep
Foodlab Leiden, Bio-informatica
Projectleiding
Floyd Wittink (BI), Angelic van der Aar (BM)
Docentonderzoeker(s)
Bart Appelhof (BM)
Analist(en)
Nikola Petrusevski (BM)
Student(en)
1 student BM 4e jaars
Partner(s)
-
