Meer over vakgroep Bioinformatics
Vanuit onze onderzoeksactiviteiten en -resultaten houden wij het onderwijsprogramma van de opleiding actueel. Zo werken studenten en docenten met de meest actuele kennis binnen ons vakgebied. Lees hier alles over onze minors, stage- en afstudeermogelijkheden en over de cursussen die we verzorgen in samenwerking met het Centrum voor Bioscience en Diagnostiek (CBD).
Terug naar Vakgroep Bio-informatica
Minor Genomics
De minor Genomics is ontwikkeld voor derdejaars studenten van de opleiding Biologie en Medisch laboratoriumonderzoek (BM). De vakgroep Bioinformatics is betrokken bij deze minor door het Nanopore sequencing praktisch te ondersteunen.
Wat leer je tijdens deze minor?
Maak een genomics experiment van begin tot eind mee! Na een korte labintroductie ga je aan de slag met het isoleren van DNA, doe je sample voorbereidingen en next generation sequencing (NGS) met het Nanopore platform. Tijdens deze minor leer je basisvaardigheden voor programmeertaal Linux, zodat je voorbereid bent op de rekenclusters en sequencieanalyses. Je leert de theorie en toepassingen van sequenciemethoden en je leert om je eigen sequencing resultaten te analyseren.
Stage of afstuderen?
De vakgroep Bioinformatics stelt ieder studiejaar onderzoeksopdrachten beschikbaar aan studenten voor hun afstudeerstage en andere onderwijsonderdelen, zoals een korte stage of projectonderwijs. Ook worden stagiairs van de andere onderzoeksgroepen van het LCAB ondersteund bij het verwerken en analyseren van sequentie data.
Ieder studiejaar publiceert het LCAB een overzicht met vacatures voor afstudeerstages waarop studenten kunnen solliciteren.
Cursus Nanopore sequencing
Wij hebben in samenwerking met het CBD een praktische cursus Nanopore sequencing ontwikkeld. Deze is bedoeld voor laboratorium professionals van het Leiden BioScience Park (LBSP) en daarbuiten. De cursus combineert de laatste inzichten van het LCAB-onderzoek met de didactische deskundigheid van de docenten Bio-informatica én de soepele organisatie van het CBD.
De cursus is opgebouwd uit twee dagen gecombineerde theorie/praktijk waarin de achtergronden van Nanopore sequencen, mogelijkheden en toepassingen worden behandeld. De derde dag rond je af met de data-analyse van je eigen sequencing-resultaten.
Cursus analyse van Next Generation Sequencing (NGS) data
Deze tweedaagse workshop geeft toepasbare up to date informatie over NGS. Hierbij komen verschillende platforms, de werking van sequencers en nucleïnezuur isolatie uitvoerig aan bod. De analyse van NGS data bij DNA en RNA sequencing wordt geïntroduceerd. Gastdocenten bespreken verschillende toepassingen zoals genoom sequencing, RNA sequencing en metagenomics.
Deze workshop is bedoeld voor laboratoriummedewerkers op hbo werk- en denkniveau, zonder of met beperkte kennis van next generation sequencing en data-analyse, die een kennisbasis willen leggen voor deze sterk in opkomst zijnde techniek.
Meer informatie?
Floyd Wittink
Vakgroepleider Bioinformatics, LCAB
De vakgroep Bioinformatics is onderdeel van kenniscentrum Leiden Centre for Applied Bioscience (LCAB). Neem voor meer algemene informatie contact op met het kenniscentrum en mail direct naar [email protected].