Welke vis belt er aan?

DNA uit een emmertje water
Vanaf maart zwemmen er weer snoekbaars, brasem, paling en nog allerlei andere vissen dwars door Utrecht naar hun paargronden. Onderweg lopen ze dan vast op de Weerdsluis die alleen voor pleziervaart open gaat, dus in het voorjaar bijna niet. 

Gelukkig hangt daar sinds vorig jaar een onderwatercamera, gekoppeld aan het citizen science project visdeurbel.nl. Zie je een vis op het livebeeld op de site, dan kun je een foto maken en met een knop de brugwachter vragen de sluis voor de vissen open te doen. 

Een duurzame methode voor visonderzoek
“Ik woon naast die sluis,” vertelt onderzoeker Rob Pastoor (LCAB), “dus ik zat met mijn kinderen op de trappen aan de kade een ijsje te eten, toen ik ineens bedacht: wat nou als we met eDNA konden bepalen welke vissen hier allemaal door die sluis gaan en dat vergelijken met de onderwatercamera beelden”

Bij het Utrechtse Hoogheemraadschap waren ze enthousiast over het idee. Nu worden vissoorten nog geteld door ze te vangen, maar dat is én veel werk én heel naar voor de vissen. Een methode die DNA dat vissen van nature in het water achterlaten kan meten, wilden ze graag proberen. 

Hoe werkt eDNA-analyse?
Gelijk de volgende morgen hengelde Rob een emmer water uit de Vecht. In het lab zuiverde hij rondzwervend environmental DNA (eDNA) uit het water, en vermenigvuldigde uit het mitochondriaal DNA het 16S/12S gedeelte. Dat werkt beter voor het identificeren van vissoorten dan het COI dat voor dieren vaak wordt gebruikt. 

Door het DNA af te lezen met een draagbare Nanopore sequencer, en die 2000 basebare lange DNA stukken terug te zoeken in een database, kreeg hij een mooi inkijkje wat er zoal aan dierlijk DNA in de rivier voorkomt. 

Vissen zien zonder camera
“Menselijk DNA vind je natuurlijk veel terug, en we zagen bijvoorbeeld ook rat,” aldus Rob.  “Maar echt leuk om te zien waren de baars, blankvoorn en brasem: allemaal vissoorten waar ook foto’s van gemaakt waren door de visdeurbel-camera.”

Via het eDNA vonden de onderzoekers ook vissoorten die juist niet op de camerabeelden voorkwamen. “Zo’n foto wordt alleen gemaakt als er toevallig iemand op het juiste moment naar de livestream kijkt,” licht Rob toe. “Terwijl je met eDNA zelfs een stukje terug in de tijd kunt meten, omdat de vissen vaak even moeten wachten voordat ze de sluis door kunnen”.   

Zelf aan de slag met DNA-sequencing
Zelf ook lange stukken DNA leren sequencen met de Nanopore sequencer? Geef je dan op voor de cursus Nanopore Sequencing op 15, 16 en 17 april van CBD – Hogeschool Leiden. 

De deur open doen voor vissen kan weer vanaf maart op visdeurbel.nl