Lekker lange Neushoorndata

Het mooie van werken met lange sequence reads is dat je ook stukken van het genoom die vol met herhalingen zitten in elkaar kunt puzzelen. Het Y-chromosoom van zoogdieren is bijvoorbeeld notoir moeilijk te reconstrueren. Dat is jammer, want op het Y-chromosoom liggen genen die belangrijk zijn voor mannelijke vruchtbaarheid. In onze assembly konden we flinke stukken herleiden tot het Y-chromosoom. Dat was eerder niet gelukt.
 
Hopelijk kunnen deze gegevens bijdragen aan het verbeteren van de gezondheid, het welzijn en de voortplanting van zwarte neushoorns in gevangenschap. En dragen we op deze manier bij aan de conservatie van de zwarte neushoorn, door een inzicht te geven in de genen die belangrijk zijn voor de mannelijke vruchtbaarheid en een basis te leggen voor verder genetisch onderzoek naar (voortplantings)problemen die zich voordoen in deze ernstig bedreigde diersoort.
 
Dit project is onderdeel van het ‘“rhinoceromics” project in samenwerking met Diergaarde Blijdorp. Door onderzoekers Ken Kraaijeveld, Koen Bossers, Stephen Pieterman, Linda Bruins-van Sonsbeek, DVM, Floyd Wittink en Nikola Petrusevski.

Begint het te kriebelen en wil je zelf ook meer aan de slag met NGS sequencing data? Geef je dan op voor een van onze cursussen in de Bio-informatica en Genomics!