Advanced Precision in Food Safety

Dit project is een vervolg op het recent afgeronde RAAK-mkb Precision Food Safety project. Dit succesvolle project heeft veel nieuwe vragen opgeleverd bij de deelnemende partners.

In “Advanced Precision in Food Safety” wordt het onderzoek naar voedselveiligheid verbreed, door L. monocytogenes al aan het begin van de voedselverwerkingsketen (in grondstoffen en ingrediënten) te monitoren met behulp van Whole Genome Sequencing (WGS) met de nanopore technologie. Verder zal de WGS-methodiek worden toegepast op Salmonella enterica en zal de huidige bio-informaticapijplijn worden aangepast om transmissieroutes van dit andere belangrijke voedselpathogeen te achterhalen. 

Ter verdieping zal het ziekteverwekkende karakter van L. monocytogenes stammen worden bepaald op basis van het serotype en de aanwezigheid van ~60 beschreven virulentiegenen. Daarbij worden gegevens uit verschillende databases, met sequence data van zowel humane als niet humane stammen, met elkaar vergeleken.

• Zowel in het laboratorium als in de fabrieksomgeving zal het effect van verschillende schoonmaakmiddelen en schoonmaaktechnieken worden onderzocht op het elimineren van L. monocytogenes van oppervlaktes.
• Tevens wordt onderzocht of shotgun metagenomics analyse kan worden ingezet om voedsel snel en breed op voedselpathogenen te monitoren.
• Een prototype van een webapplicatie, waarmee bedrijven verkregen resultaten kunnen inzien en aanvullen zal verder worden ontwikkeld en door voedselverwerkende bedrijven worden getest en geïmplementeerd.

Technieken

• Whole Genome Sequencing
• Multilocus sequence typing
• Metagenomics
• Biochemische test zoals API‐Listeria
• MALDI‐TOF massa spectrometrie (BioTyper of VitekMS)
• Ribotyping, REP‐PCR, Pulsed‐field gelelektroforese en andere fingerprint‐genererende DNA technieken
• DNA extractie

Projectinformatie

Type project	RAAK-mkb
Status	Lopend
Onderzoeksgroep(en)	Toegepaste Genomische Microbiologie, Bio-informatica
Projectleiding	Astrid Heikema, Marijke Mostert
Onderzoeker(s)	Floyd Wittink (BI), Koen Bossers (BI)
Analist(en)	Bas Bonnet, Marlies Spaans, Mara Kroner
Student(en)	2 studenten BM 4e jaars, 1 studenten BI 4e jaars
Partner(s)	WFC, BaseClear, Zalmhuys van Wijnen, Kennemer Visgroep, Heemskerk B.V., Zwanenberg, Luiten, Eco2Clean B.V., Groentenenfruit Huis, Stichting Food Compass, Visfederatie, Vereniging Nederlandse Vleeswarenindustrie (VNV), Maxima Seafoon, NIZO.