PoreLab

Technieken

• Whole Genome Sequencing
• Metagenomics
• RNA-sequencing

Projectinformatie

Type project	RAAK-MKB
Looptijd	n.v.t.
Status	Afgerond
Onderzoeksgroep(en)	Innovatieve Moleculaire Diagnostiek, Bio-informatica
Projectleiding	Walter Zuijderduin, Floyd Wittink (BI)
Docentonderzoeker(s)
Analist(en)	Nikola Petrusevski
Student(en)	1 student BI 4e jaars
Partner(s)	Qlip, Naktuinbouw, Winclove, BaseClear, Dutch DNA Biotech, Syngip, ZF-screens, ProteoNic, NSure, NTrans, Photanol en Dekker Chrysanten

Resultaten

Het PoreLab is een initiatief van Hogeschool Leiden om samen met het MKB sequencing applicaties te ontwikkelen op basis van Nanopore sequencing mbv de MinION. Hierbij is onderscheid gemaakt in genoomanalyse, metagenome analyse en expressie analyses. De toepassing van nanoporesequencing en software applicaties werden getest door DNA- en RNA-samples afkomstig van MKB-bedrijven mbv nanopore sequencing te analyseren. De Hogeschool ontwikkelde software applicaties voor genome-, metagenome- en transcriptome analyses. Daarnaast is er een custom applicatie gemaakt voor het bepalen van de efficiëntie van een genediting procedure, CRIPR-CAS.  Alle consortiumpartners hebben een rapportage ontvangen m.b.t. hun specifieke applicatie en de biologische implicaties die volgden uit de resultaten. Hier is positieve feedback op ontvangen en in een aantal gevallen leiden de resultaten tot een nieuw samenwerkingsverband, gericht op verdere verdieping. 

Ook wordt er door Hogeschool Leiden gewerkt aan scholings- en trainingactiviteiten op het gebied van wetlab en drylab activiteiten m.b.t. Nanopore sequencing.