Onderzoeken vakgroep Bio-informatica
De vakgroep bio-informatica biedt ondersteuning aan alle lectoraten binnen het LCAB waar het gaat om de analyse en presentatie van de onderzoeksresultaten. De vakgroep werkt momenteel mee aan de volgende onderzoeken:
Lopende onderzoeken
- Fermentobiomics: monitoring van fermentatieprocessen mbv omics-technieken
- Check the test
- Biostimulanten: van bol tot in de bodem uitgezocht; de uitbreiding van schimmel en nematoden analyses
- Monitoring van luchtmonsters op de aanwezigheid van plantenpathogenen in het kader van IPM (penvoerder: WUR)
- Omics in de polder: ontwikkelen van omics-technieken en toepassen voor het monitoren van biodiversiteitsveranderingen
- Hidden Biodiversity: Improving urban green infrastructure by incorporating hidden biodiversity networks (penvoerder: Naturalis)
- Advanced Precision Food Safety, detectie van voedselpathogenen mbv whole genome sequencing (WGS en MGS)
- Dermatologie project: in samenwerking met de afdeling Dermatologie van het LUMC wordt data verwerkt m.b.t. de identificatie en functionele gevolgen van mutaties en structurele variaties bij huidlymfomen.
Onderstaande projecten zijn interne methodenontwikkelingen:
- Optimalisatie van 16S amplicon sequencing mbv operon brede amplicons
16S rRNA amplicon sequencing is een veel gebruikte methode om het taxonomisch profiel van bacteriën te bepalen. De methode kan de identiteit op genus niveau betrouwbaar aangeven en in mindere mate op species niveau. Nanopore sequencing kan het volledige 16S rRNA gen meten, hiermee is het identificeren op species niveau mogelijk, maar worden ook vaak vals positieve resulaten verkregen. Om de specificiteit te verhogen wordt onderzocht of dit te bereiken is door het volledige ribosomale gen voor taxonomisch profielren te gebruiken. - Implementatie van adaptive sequencing
Nanopore sequencing is een sleuteltechnologie voor de vakgroep Bioinformatica. We zien het als een missie om hierbij de laatste toepassingen in huis beschikbaar te hebben. Adaptive sequencing is het verrijken of negeren van een target sequentie gedurende het sequencen, iets wat specifiek voor nanopore sequencen is. Het afgelopen jaar is het identfceren van bacteriën in real time, het balanceren van het aantal reads per sample op basis van barcode sequenties en het identificeren van Bacillus species op basis van toxine coderende genen geïmplementeerd. Het verwijderen van host DNA in metagenome samples gedurende het sequencen is in ontwikkeling. - Optimalisatie dataflow in combinatie met de geïntroduceerde lab notebooks
De vakgroep Bioinformatica gaat samen optrekken met de vakgroep Datalab om de stroom van informatie vanaf sampling tot en met de dataverwerking te optimaliseren. Hierdoor kan data beschikbaar komen voor de verwerking op verschillende servers. - Opzetten van NextFlow Tower voor high throughput analyses
Het automatiseren van dataverwerking is een continue activiteit van de vakgroep voor de verschillende projecten. De grote diversiteit aan projecten maakt dat er behoefte is aan een systeem dat robuust is en waarop centraal niveau verschillende systemen aangeroepen kunnen worden. NextFlow is een systeem dat op deze behoefte goed aansluit en dat actief in ontwikkeling is. - Het metatranscriptoom van kombucha: expressie analyse van een complexe microbiologische samenleving
In een complexe populatie volstaat het niet om alleen het taxonomisch profiel te bepalen, het is vaak de functie die een populatie uitvoert waar men achter wil komen. Hiervoor worden naast metaboloom analyses ook metatranscriptoom analyses opgezet. Metatranscriptomics geeft aan welk deel van de genetische informatie gebruikt wordt en kan richting geven aan de te gebruiken strategie bij metabolomics.Het analyseren van het metatranscriptoom van Kombucha is een echte uitdaging door de combinatie van bacteriën en gisten die hierin aanwezig zijn. We hopen met deze analyses meer te kunnen zeggen over de fermentatie processen en de manier waarop deze beinvloed kunnen worden, daarnaast zal dit een proof of concept zijn om metatranscriptomoics bij metagenoom projecten in te kunnen zetten.
Afgeronde onderzoeken
- With help of my little friends
- Rhinoceromics
- eDNA en eMetabolomics
- Een geschikte bodem voor duurzame tulpenteelt
- Nematoden
- Identification and functional analysis of Fusarium antagonists
- Identification and analysis of the mycorrhizosphere of flowerbulbs
- Een nieuwe biomarker voor de diagnostiek van urineweginfecties in de eerstelijn
- Fusascreen
- Application of bacteria as probiotics in coral reef restoration at Bonaire
- PoreLab
- PoreAcademy
- Precision Food Safety
- Dermatologie project