Onderzoeksgroep Bio-informatica

16S rRNA amplicon sequencing is een veel gebruikte methode om het taxonomisch profiel van bacteriën te bepalen. De methode kan de identiteit op genus niveau betrouwbaar aangeven en in mindere mate op species niveau. Nanopore sequencing kan het volledige 16S rRNA gen meten, hiermee is het identificeren op species niveau mogelijk, maar worden ook vaak vals positieve resultaten verkregen. Om de specificiteit te verhogen wordt onderzocht of dit te bereiken is door het volledige ribosomale gen voor taxonomisch profileren te gebruiken. 

Nanopore sequencing is een sleuteltechnologie voor de onderzoeksgroep Bio-informatica. We zien het als een missie om hierbij de laatste toepassingen in huis beschikbaar te hebben. Adaptive sequencing is het verrijken of negeren van een target sequentie gedurende het sequencen, iets wat specifiek voor nanopore sequencen is. Het afgelopen jaar is het identificeren van bacteriën in real time, het balanceren van het aantal reads per sample op basis van barcode sequenties en het identificeren van Bacillus species op basis van toxine coderende genen geïmplementeerd. Het verwijderen van host DNA in metagenome samples gedurende het sequencen is in ontwikkeling. 

De onderzoeksgroep Bio-informatica gaat samen optrekken met de onderzoeksgroep Datalab om de stroom van informatie vanaf sampling tot en met de dataverwerking te optimaliseren. Hierdoor kan data beschikbaar komen voor de verwerking op verschillende servers. 

Het automatiseren van dataverwerking is een continue activiteit van de onderzoeksgroep voor de verschillende projecten. De grote diversiteit aan projecten maakt dat er behoefte is aan een systeem dat robuust is en waarop centraal niveau verschillende systemen aangeroepen kunnen worden. NextFlow is een systeem dat op deze behoefte goed aansluit en dat actief in ontwikkeling is. 

Een expressie-analyse van een complexe microbiologische samenleving. In een complexe populatie volstaat het niet om alleen het taxonomisch profiel te bepalen, het is vaak de functie die een populatie uitvoert waar men achter wil komen. Hiervoor worden naast metaboloom-analyses ook metatranscriptoom-analyses opgezet. Metatranscriptomics geeft aan welk deel van de genetische informatie gebruikt wordt en kan richting geven aan de te gebruiken strategie bij metabolomics. Het analyseren van het metatranscriptoom van kombucha is een echte uitdaging door de combinatie van bacteriën en gisten die hierin aanwezig zijn. We hopen met deze analyses meer te kunnen zeggen over de fermentatie-processen en de manier waarop deze beïnvloed kunnen worden. Daarnaast zal dit een proof of concept zijn om metatranscriptomoics bij metagenoom projecten in te kunnen zetten.