Overslaan en naar de inhoud gaan Overslaan en naar de footer gaan Overslaan en naar de navigatie gaan
Zoeken

Onderzoeksgroep Bio-informatica

De Onderzoeksgroep Bio-informatica doet onderzoek op het snijvlak van biologie en informatica en maakt een belangrijk onderdeel uit van het onderzoek dat wordt uitgevoerd binnen het kenniscentrum Leiden Centre for Applied Bioscience (LCAB). Onze nieuwste inzichten in de bio-informatica dragen bij aan de ontwikkeling van de beroepspraktijk, de bredere samenleving, aan het onderwijs, en aan kennisontwikkeling binnen de verschillende onderzoeksdomeinen van het LCAB.

Meer over Bio-informatica

Werkwijze

De onderzoeksgroep doet zelfstandig onderzoek naar toepassingen van de nieuwste omics-technologieën, waaronder de nanopore sequencing-technologie. Wij ontwikkelen applicaties en pipelines voor dataverwerking en beheren de digitale infrastructuur bij het LCAB. De onderzoeksgroep ondersteunt bij (multi-)omics-onderzoek van de onderzoeksgroepen van het LCAB, bijvoorbeeld met het analyseren en visualiseren van de onderzoeksresultaten. Daarnaast adviseren wij de opleiding Bio-informatica over curriculumvernieuwing, ontwikkelen onderwijsmateriaal en verzorgen gastcolleges bij diverse opleidingen. Wij bieden studenten ruimte om mee te werken aan onderzoek vanuit verschillende onderwijsonderdelen zoals minoren, korte stages en afstudeerstages. En we leveren een bijdrage aan professionalisering van onze docenten en van professionals in de beroepspraktijk.  

Impact

Ons onderzoek genereert kennis, inzichten en producten die bijdragen aan het beantwoorden van onderzoeksvraagstukken vanuit de beroepspraktijk en maatschappij. Denk aan bijdrages aan ontwikkelingen binnen de voedingsmiddelenindustrie en inzichten in milieuvraagstukken. Zo hebben wij een programma ontwikkeld voor de analyse van metagenomics data, BioAssist, waar bedrijven belangstelling in hebben. Er is een workflow ontwikkeld voor de voedingsindustrie om contaminanten te identificeren en de herkomst ervan te traceren. Wij werken in een onderzoeksproject aan een geavanceerde pijplijn voor het analyseren en begrijpen van genetische data met als doel nieuwe enzymen te ontdekken met toepassingen voor de volksgezondheid en de voedselproductie. 

Onderwijs

We houden ons onderwijs up-to-date en geven hiervoor o.a. feedback aan de opleiding over ontwikkelingen in de beroepspraktijk die het waard zijn om op te nemen in het onderwijsprogramma. Denk bijvoorbeeld aan het gebruik van Git, Dockers en cluster computing en data science. 

Wij ondersteunen de opleiding met het ontwikkelen en invullen van minoren, Nanopore sequencing applicaties en de invulling van stages en afstudeerprojecten.

Wij verzorgen korte cursussen voor het Centrum voor Bioscience en Diagnostiek (CBD); het nascholingscentrum voor professionals die werkzaam zijn in life science en health. 

Informatie minor en cursussen

Onze onderzoeksprojecten

Wij bieden ondersteuning aan alle onderzoeksgroepen binnen het LCAB waar het gaat om de analyse en presentatie van de onderzoeksresultaten. Daarnaast werken we mee aan projecten rond interne methodeontwikkelingen. 

Tulpenveld
Bekijk alle projecten

Interne methodenontwikkeling

medewerker bio-informatica buiten met laptop
Optimalisatie van 16S amplicon sequencing mbv operon brede amplicons

16S rRNA amplicon sequencing is een veel gebruikte methode om het taxonomisch profiel van bacteriën te bepalen. De methode kan de identiteit op genus niveau betrouwbaar aangeven en in mindere mate op species niveau. Nanopore sequencing kan het volledige 16S rRNA gen meten, hiermee is het identificeren op species niveau mogelijk, maar worden ook vaak vals positieve resultaten verkregen. Om de specificiteit te verhogen wordt onderzocht of dit te bereiken is door het volledige ribosomale gen voor taxonomisch profileren te gebruiken. 

Implementatie van adaptive sequencing

Nanopore sequencing is een sleuteltechnologie voor de onderzoeksgroep Bio-informatica. We zien het als een missie om hierbij de laatste toepassingen in huis beschikbaar te hebben. Adaptive sequencing is het verrijken of negeren van een target sequentie gedurende het sequencen, iets wat specifiek voor nanopore sequencen is. Het afgelopen jaar is het identificeren van bacteriën in real time, het balanceren van het aantal reads per sample op basis van barcode sequenties en het identificeren van Bacillus species op basis van toxine coderende genen geïmplementeerd. Het verwijderen van host DNA in metagenome samples gedurende het sequencen is in ontwikkeling. 

Optimalisatie dataflow in combinatie met de geïntroduceerde lab notebooks

De onderzoeksgroep Bio-informatica gaat samen optrekken met de onderzoeksgroep Datalab om de stroom van informatie vanaf sampling tot en met de dataverwerking te optimaliseren. Hierdoor kan data beschikbaar komen voor de verwerking op verschillende servers. 

Opzetten van NextFlow Tower voor high throughput analyses

Het automatiseren van dataverwerking is een continue activiteit van de onderzoeksgroep voor de verschillende projecten. De grote diversiteit aan projecten maakt dat er behoefte is aan een systeem dat robuust is en waarop centraal niveau verschillende systemen aangeroepen kunnen worden. NextFlow is een systeem dat op deze behoefte goed aansluit en dat actief in ontwikkeling is. 

Het metatranscriptoom van kombucha

Een expressie-analyse van een complexe microbiologische samenleving. In een complexe populatie volstaat het niet om alleen het taxonomisch profiel te bepalen, het is vaak de functie die een populatie uitvoert waar men achter wil komen. Hiervoor worden naast metaboloom-analyses ook metatranscriptoom-analyses opgezet. Metatranscriptomics geeft aan welk deel van de genetische informatie gebruikt wordt en kan richting geven aan de te gebruiken strategie bij metabolomics. Het analyseren van het metatranscriptoom van kombucha is een echte uitdaging door de combinatie van bacteriën en gisten die hierin aanwezig zijn. We hopen met deze analyses meer te kunnen zeggen over de fermentatie-processen en de manier waarop deze beïnvloed kunnen worden. Daarnaast zal dit een proof of concept zijn om metatranscriptomoics bij metagenoom projecten in te kunnen zetten. 

Samen onderzoeken?

Wij werken nauw samen met bedrijven en kennisinstellingen in de regio en doen binnen Hogeschool Leiden met onze studenten en docenten onderzoek vanuit het Leiden Centre for Applied Bioscience (LCAB). 

Interesse in samenwerking of behoefte aan advies? 

We horen dat graag!

Leiden Centre for Applied Bioscience

Biologie Medisch Laboratoriumonderzoek studenten werken tijdens les in het lab

Uitgelicht

Lezing DNA-technieken en verborgen biodiversiteit

Nieuws | Algemeen
Lees meerover Lezing DNA-technieken en verborgen biodiversiteit
Arjen Speksnijder met een microscoop

Leids onderzoek naar effect bemesting bodem en water veenweidepolders

Nieuws | Leids onderzoek naar effect bemesting bodem en water veenweidepolders
Lees meerover Leids onderzoek naar effect bemesting bodem en water veenweidepolders
foto van veenweidepolders

LCAB Symposium 2024

Evenement
Lees meerover LCAB Symposium 2024
Logo van het LCAB

Ons netwerk

Hogeschool Leiden Bio-informatica studenten samen achter een laptop

De onderzoeksgroep werkt nauw samen met bedrijven en kennisinstituten in de regio.

De belangrijkste samenwerkingspartners zijn op dit moment de collega’s van de onderzoeksgroepen Foodlab en Metagenomics.  

Daarnaast werken we nauw samen met de consortiumpartners van het project Advanced Precision Food Safety van de onderzoeksgroep Toegepaste Genomische Microbiologie.

De onderzoeksgroep Bio-Informatica is onderdeel van het kenniscentrum Leiden Centre for Applied Bioscience (LCAB). Meer informatie? Mail direct naar [email protected].