Hogeschool Leiden

Workshop metagenomics

For the English version of this course text click here.

In het kort

Metagenomics onderzoek is van fundamenteel belang voor het begrijpen van onze ecosystemen. In dit relatief nieuwe vakgebied kan in principe al het genetische materiaal van een monster worden geanalyseerd, terwijl traditionele kweek- en genomische methoden slechts een fractie hiervan bereiken.

Inhoud

In deze hand-on cursus komen de volgende onderwerpen aan bod:

  • de workflow van sample voorbereiding, DNA isolatie, keuze van sequencing technologie, read mapping, annotatie en metagenoom assembly;
  • taxonomische classificatie, kwantificatie van microbiële gemeenschappen en species richness (alpha-diversiteit);
  • functionele eigenschappen van de micro-organismen in de monsters door middel van het toevoegen van annotaties en metabolic pathway reconstruction;
  • pipelines voor data-analyse, terugkoppeling van bio-informatica analyserapporten met de biologische vraagstelling.

Wat u leert

  • De basisprincipes en concepten die nodig zijn om de achtergronden van metagenomics onderzoek te begrijpen;
  • De basale workflow van metagenomics onderzoek;
  • Hoe u samples kunt nemen en DNA kunt isoleren voor metagenomics onderzoek en wat daarbij de valkuilen zijn;
  • Een aantal metagenomics toepassingen, technieken en data analyse tools;
  • Hoe u 16S en metagenoom data kunt analyseren met gratis toegankelijke tools die online beschikbaar zijn (computerpraktijk);
  • Hoe u de resultaten interpreteert en de data presenteert.

De cursus wordt gegeven in het Engels en is bedoeld voor laboratoriummedewerkers die met metagenomics onderzoek te maken hebben maar zelf beperkte ervaring met het onderzoek hebben, of die de analyse uitbesteden.

Praktische informatie

Programma
Programma metagenomics ( pdf, 117 KB )

Doelgroep
laboratoriummedewerkers die zelf beperkt met het metagenomics onderzoek te maken hebben of die de analyse uitbesteden

Cursusniveau
hbo

Taal
Engels

Cursusdatum
27 en 28 november 2017

Lestijden
09.30 - 16.00 uur

Omvang
14 uur theorie

Getuigschrift
bewijs van deelname

Inschrijven
vóór 23 oktober 2017

Cursusprijs
€ 1.020,- (bij inschrijving vóór 18 september 2017 € 920,-)

Inschrijven

U kunt zich hier inschrijven.

Al onze cursussen kunnen wij ook als Maatwerktrajecten voor u verzorgen. Wij beantwoorden uw vragen graag via telefoonnummer 071-5188743/753 of via cbd@hsleiden.nl.

Terug naar cursussen  Genomics of Moleculaire Biologie