Hogeschool Leiden

Workshop metagenomics

For the English version of this course text click here.

Deze workshop is bedoeld voor laboratoriummedewerkers die met metagenomics onderzoek te maken hebben, maar zelf beperkte ervaring met het onderzoek hebben of die de analyse uitbesteden. De workshop wordt gegeven in het Engels.

Metagenomics is een relatief nieuw vakgebied dat ontstaan is als gevolg van de snelle ontwikkelingen in de sequencing technologie. Het bestudeert de aanwezigheid en interactie van micro-organismen in een monster, denk bijvoorbeeld aan water- en grondmonsters. Vanuit de monsters wordt genetisch materiaal geïsoleerd, dit materiaal wordt gebruikt om de hoeveelheid en aanwezigheid van micro-organismen te bepalen.

In deze workshop wordt de workflow van sample voorbereiding, DNA isolatie, keuze van sequencing technologie, read mapping, annotatie en metagenoom assembly behandeld. Daarbij wordt ingegaan op zowel 16S als metagenoom analyses. Tijdens de cursus wordt aandacht besteed aan taxonomische classificatie, kwantificatie van microbiële gemeenschappen en species richness (alpha-diversiteit). Daarnaast wordt ingegaan op functionele eigenschappen van de micro-organismen in de monsters door middel van het toevoegen van annotaties en metabolic pathway reconstruction.

Tevens komen pipelines voor data-analyse, terugkoppeling van bio-informatica analyserapporten naar mensen met de biologische vraagstelling aan bod. Tijdens de computerpraktijk gaat u zelf aan de slag met het analyseren van 16S en metagenoom datasets.

Keywords: CBD, 16S rRNA, metagenome, taxonomy, data-analyse, NGS, diversiteit, micro-organismen, microbioom, annotatie.

Leerdoelen
Bij deze cursus leert u:

  • De basisprincipes en concepten die nodig zijn om de achtergronden van metagenomics onderzoek te begrijpen;

  • De basale workflow van metagenomics onderzoek kennen;

  • Hoe u samples kunt nemen en DNA kunt isoleren voor metagenomics onderzoek en wat daarbij de valkuilen zijn;
  • Een aantal metagenomics toepassingen, technieken en data analyse tools kennen;
  • Hoe u 16S en metagenoom data kunt analyseren met gratis toegankelijke tools die online beschikbaar zijn.

Powered by Generade
 

Programma
Programma metagenomics ( pdf, 117 KB )

Doelgroep
laboratoriummedewerkers die zelf beperkt met het metagenomics onderzoek te maken hebben of die de analyse uitbesteden

Cursusniveau
hbo

Taal
Engels

Cursusdatum
27 en 28 november 2017

Lestijden
09.30 - 16.00 uur

Omvang
14 uur theorie

Getuigschrift
bewijs van deelname

Inschrijven
vóór 16 oktober 2017

Cursusprijs
€ 1.020,- (bij inschrijving vóór 18 september 2017 € 920,-)

U kunt zich hier inschrijven.

Al onze cursussen kunnen wij ook als Maatwerktrajecten voor u verzorgen. Wij beantwoorden uw vragen graag via telefoonnummer 071-5188743/753 of via cbd@hsleiden.nl.

Terug naar cursussen  Genomics of Moleculaire Biologie