Hogeschool Leiden

Workshop metagenomics

Deze cursus is bedoeld voor laboratoriummedewerkers die met metagenomics onderzoek te maken hebben, maar zelf beperkte ervaring met het onderzoek hebben of die de analyse uitbesteden.

Metagenomics is een relatief nieuw vakgebied dat ontstaan is als gevolg van de snelle ontwikkelingen in de sequencing technologie. Het bestudeert de aanwezigheid en interactie van micro-organismen in een monster, denk bijvoorbeeld aan water- en grondmonsters. Vanuit de monsters wordt genetisch materiaal geïsoleerd, dit materiaal wordt gebruikt om de hoeveelheid en aanwezigheid van micro-organismen te bepalen. DNA barcoding wordt ook gebruikt om eukaryote organismen te identificeren.

In deze workshop wordt de workflow van sample voorbereiding, sequentiekeuze- en methode, read mapping, annotatie en metagenome assembly behandeld. Tevens komen pipelines voor data-analyse, terugkoppeling van bio-informatica analyse rapporten naar mensen met de biologische vraagstelling aan bod. Tijdens de computerpraktijk gaat u zelf aan de slag met het analyseren van een metagenome dataset.

Keywords: CBD, 16S rRNA, transcript, verwantschap, metagenome, taxonomy, data-analyse, NGS, BLAST, annotatie.

Leerdoelen
Bij deze cursus leert u:

  • De basisprincipes en concepten die nodig zijn om de achtergronden van metagenomics onderzoek te begrijpen;
  • De basale workflow van metagenomics onderzoek kennen;
  • Een aantal metagenomics toepassingen, technieken en data analyse tools kennen;
  • Hoe u data kunt analyseren met een online tool voor BLAST analyse van high-throughput sequencing data

Powered by Generade
 

Programma
Programma metagenomics ( pdf, 31 KB )

Doelgroep
laboratoriummedewerkers die zelf beperkt met het metagenomics onderzoek te maken hebben of die de analyse uitbesteden

Cursusniveau
hbo

Cursusdatum
27 november 2017

Lestijden
09.30 - 16.00 uur

Omvang
7 uur theorie (5 UEC)

Getuigschrift
bewijs van deelname

Inschrijven
vóór 16 oktober 2017

Cursusprijs
€ 510,- (bij inschrijving vóór 18 september 2017 € 460,-)

U kunt zich hier inschrijven.

Al onze cursussen kunnen wij ook als Maatwerktrajecten voor u verzorgen. Wij beantwoorden uw vragen graag via telefoonnummer 071-5188743/753 of via cbd@hsleiden.nl.

Terug naar cursussen  Genomics of Moleculaire Biologie