Hogeschool Leiden

Metagenomics

  • Cursus
  • Genomics
  • Start 31 mei 2021
  • Duur 2 dagen
  • Engelstalig
  • Bewijs van deelname

In het kort

In deze cursus wordt een algemene achtergrond van metagenomics gegeven. Hands-on data-analyse is een belangrijk onderdeel: tijdens computer practica kan je 16S- en metagenoom datasets analyseren. De workflow van monstervoorbereiding, DNA-isolatie, selectie van platform, read mapping, annotatie en metagenoomassemblage wordt behandeld. 16S- en metagenoom analyses worden besproken en er wordt aandacht besteed aan taxonomische classificatie en de kwantificering van microbiële gemeenschappen. Pipelines voor data-analyse en presentatie van de data worden behandeld. 

Voor wie 
De cursus wordt gegeven in het Engels en is bedoeld voor laboratoriummedewerkers die met metagenomics onderzoek te maken hebben maar zelf beperkte ervaring met het onderzoek hebben, of die de analyse uitbesteden. 

Centrum Bioscience en Diagnostiek

Deze cursus maakt onderdeel uit van het nascholingsaanbod van het Centrum Bioscience en Diagnostiek (CBD). Het vakgebied life science en health staat nooit stil. Samen met diverse partners uit het werkveld ontwikkelt het CBD daarom opleidingen en nascholingen die inspelen op wat er, nu én in de toekomst, nodig is in de sector.

Nieuwsgierig? Bekijk het actuele opleidingsaanbod.

Vragen? Neem contact met ons op.

Wat je leert tijdens deze cursus

In deze hand-on cursus komen de volgende onderwerpen aan bod:

  • de workflow van sample voorbereiding, DNA isolatie, keuze van sequencing technologie, read mapping, annotatie en metagenoom assembly;
  • taxonomische classificatie, kwantificatie van microbiële gemeenschappen en species richness (alpha-diversiteit);
  • functionele eigenschappen van de micro-organismen in de monsters door middel van het toevoegen van annotaties en metabolic pathway reconstruction;
  • pipelines voor data-analyse, terugkoppeling van bio-informatica analyserapporten met de biologische vraagstelling;
  • de basisprincipes en concepten die nodig zijn om de achtergronden van metagenomics onderzoek te begrijpen;
  • de basale workflow van metagenomics onderzoek;
  • hoe je samples kunt nemen en DNA kunt isoleren voor metagenomics onderzoek en wat daarbij de valkuilen zijn;
  • een aantal metagenomics toepassingen, technieken en data analyse tools;
  • hoe je 16S en metagenoom data kunt analyseren met gratis toegankelijke tools die online beschikbaar zijn (computerpraktijk);
  • hoe je de resultaten interpreteert en de data presenteert.

Vergelijkbare cursussen

Jezelf verder ontwikkelen op het gebied van life science en health? Vanuit het CBD bieden we diverse cursussen, masterclasses, workshops en andere opleidingstrajecten aan. Mogelijk vind je de volgende nascholing ook interessant: Analyse van NGS sequencing data.

Bekijk alle cursussen op het gebied van Genomics en Moleculaire Biologie

Programma

In deze tweedaagse cursus, die in het Engels wordt gegeven, komen de diverse aspecten van metagenomics aan bod. De cursusdata zijn 31 mei en 1 juni 2021. 

Dag 1
Tijdens de eerste dag besteden we aandacht aan analyse van samples, maar ook de valkuilen. In de middag is er een praktijkgedeelte.

Dag 2
Tijdens de tweede dag leer je hoe je 16S en metagenoom data kunt analyseren en is er in de middag opnieuw een praktijkgedeelte

Bekijk het volledige programma (Engels)

Deze cursus wordt verzorgt door Floyd Wittink, Hilda van Mourik en diverse gastdocenten uit het werkveld.

Floyd Wittink

Docent Floyd Wittink

Floyd Wittink is moleculair bioloog met affiniteit voor computers. Zo is hij in het vak Bio-informatica gegroeid. Voor het CBD verzorgt hij onder andere cursussen op het gebied van next generation sequencing. Hij is  gepromoveerd op een onderwerp in de ontwikkelingsbiologie aan de Radboud Universiteit Nijmegen. Tijdens zijn promotie merkte hij het belang van de balans tussen onderwijs en onderzoek. Daarna heeft Floyd veel praktijkervaring opgedaan, hij richtte onder andere een microarray lab  op bij de Universiteit Utrecht en heeft een facilitair microarray lab geleid bij de Universiteit van Amsterdam.  

“Lesgeven aan post-hbo’ers is een cadeautje. Zij brengen hun eigen expertise en specifieke vragen mee.” 

Voor alle cursussen van het Centrum Bioscience en Diagnostiek is het mogelijk om een maatwerktraject samen te stellen. De kracht hiervan is dat we tijdens de cursus direct kunnen inspelen op de unieke werksituatie en trainingsbehoeften van jouw organisatie. Je kunt hierbij kiezen voor een incompanytraining voor een groep medewerkers of een individueel traject.

Meer informatie aanvragen?
Ben je benieuwd naar de mogelijkheden van een maatwerktraject voor jouw organisatie, neem dan vrijblijvend contact met ons op via 071-5188743/753 of cbd@hsleiden.nl.

Schrijf je in voor de cursus

De eerstvolgende cursus Metagenomics gaat van op 31 mei 2021. Wil je verzekerd zijn van een plaats? Schrijf je in voor 19 april 2021.

Bij inschrijving vóór 22 maart 2021 krijg je vroegboekkorting. Het is mogelijk om een kortingsregeling te krijgen bij inschrijving van twee of meer deelnemers van dezelfde afdeling van een bedrijf. Voor alle post-hbo opleidingen, cursussen, workshops, masterclasses en maatwerktrajecten gelden de algemene leveringsvoorwaarden van Hogeschool Leiden.

Praktische informatie

Ben je van plan om deel te nemen aan de cursus Metagenomics? Bekijk hier de praktische informatie over de data, lestijden en de kosten.

Doelgroep 
Laboratoriummedewerkers die zelf beperkt met het metagenomics onderzoek te maken hebben of die de analyse uitbesteden 

Cursusniveau 
Hbo 

Taal 
Engels 

Cursusdata
31 mei en 1 juni 2021

Lestijden 
09.30 - 16.00 uur 

Omvang 
14 uur theorie (13 UEC) 

Getuigschrift 
Bewijs van deelname 

Inschrijven 
Schrijf je in vóór 19 april 2021

Cursusprijs 
€ 965,- (bij inschrijving vóór 22 maart 2021 € 880,-)

Centrum Bioscience en Diagnostiek (CBD)

Het vakgebied life science en health staat nooit stil. Samen met diverse partners uit het werkveld ontwikkelt het CBD daarom opleidingen en nascholingen die inspelen op wat er, nu én in de toekomst, nodig is in de sector.