Onderzoek lectoraat Metabolomics via LC-MS

Verantwoording 2020

De verantwoording over 2020 van het lectoraat Metagenomics over de bijdrage aan de beroepspraktijk en maatschappij, aan onderwijs en professionalisering. 

Lectoraat Metagenomics en de samenvatting van de L.INT subsidie

Hogeschool Leiden en Naturalis zetten in op een gezamenlijk lectoraat met het thema Metagenomics. Metagenomics kent vele toepassingen en is daarmee een belangrijke life science sleuteltechnologie. De ontwikkeling van (nieuwe) methoden voor bemonstering, monstervoorbereiding en DNA sequencing zal centraal staan. Daarbij is de relatie tussen biodiversiteit en gezondheid (van mens, dier, plant) een belangrijk inhoudelijk thema.

Het lectoraat Metagenomics speelt een belangrijke rol in verschillende reeds lopende projecten en sluit prima aan bij het praktijkgericht onderzoek. Daarbij heeft het lectoraat een belangrijke brugfunctie naar de andere lectoraten binnen het LCAB en de vakgroep Bioinformatica. Het versterken van de impact van het onderzoek op het onderwijs een belangrijke doelstelling. Voor Naturalis is de ontwikkeling en toepassing van nieuwe inventarisatie- en onderzoeksmethoden gericht op soortherkenning een belangrijk speerpunt.

Dit omvat moleculaire technieken, waaronder genetische identificatie en eDNA-metabarcoding, maar ook geautomatiseerde beeld- en geluidsherkenning (door toepassing van kunstmatige intelligentie). Via het lectoraat Metagenomics zullen praktijktoepassingen ontwikkeld worden voor een scala aan bedrijven en publieke instellingen. Het lectoraat zal uitgaan van bestaande netwerken van beide instituten en deze verder uitbreiden. Belangrijke bestaande kennispartners zijn het biotechnologiebedrijf BaseClear, Universiteit Leiden en het Leids Universitair Medisch Centrum.

Enkele projectplannen:

  • RAAK-PRO aanpak knelpunten genetische monitoring
  • RAAK-MKB Geschikte bodem voor tulp
  • RAAK-Publiek Bodem Metabolomics/Metagenomics
  • Holland-Rijnland bodem Metabolomics/Metagenomics
  • NWA Hidden Biodiversity and dispersion

Acquisitie trajecten:

  • Wildlife forensics with Nanopore, Douane/NFI/Curaçao  Raak-Publiek
  • Coral cyanomats and probiotics, NBC/RRFB/WUR/UvA Raak-Publiek
  • Biodiversity and Public Health, NBC/LUMC/GGD WINNER-NWO
  • Microbioom en plantinhoudsstoffen NBC/HAN Raak-mkb

Lopende projecten:

  • RAAK-Publiek Rhinoceromics
  • Geschikte bodem voor duurzame tulpenteelt
  • Environmental OMICS – Veenweide gebieden
  • RAAK Food Safety precision (Air)
  • Fusascreen (soil)
  • EU-GEANS Noordzeekanaal monitoring

Onderwijsambities

Biodiversiteit integreren in de leerlijn van B&M. In het curriculum Bio informatica opleiding zal biodiversiteit geïntegreerd worden in keuzemodules. Hier zal aansluiting plaatsvinden bij de biodiversiteits vraagstukken en de uitdagingen die Naturalis heeft op het vlak van bio informatica.

Kennisontwikkeling

De lector is bestuurslid van de Werkgroep Scheidingsmethoden, een werkgroep van de Koninklijke Nederlandse Chemie Vereniging, die jaarlijkse symposia verzorgt voor academie en bedrijfsleven. 

De lector heeft in 2020 vier artikelen gepubliceerd voor vakgenoten; drie artikelen in wetenschappelijke tijdschriften en één artikel in een vaktijdschrift.