InGenMoB: Innovatieve Genetische Monitoring van de Biodiversiteit

Biodiversiteit staat zwaar onder druk door de effecten van habitatverlies en versnippering, klimaatverandering, vervuiling en exploitatie (IPBES 2019). De manier waarop we met onze natuurlijke omgeving omgaan leidt tot onmeetbare economische schade en brengt onze voedselveiligheid, gezondheid en kwaliteit van leven in gevaar. We hebben dringend behoefte aan betrouwbare indicatoren en meetinstrumenten voor het herkennen van soorten en het monitoren van de biodiversiteit in verschillende omgevingen waarmee veranderingen en trends kunnen worden vastgesteld.

Monitoring op basis van genetische technieken biedt hiervoor een belangrijk perspectief. In tegenstelling tot traditionele methoden maken DNA-gebaseerde methoden het mogelijk om sneller en met minder moeite grote hoeveelheden data te genereren over de biodiversiteit. Dit vormt de basis voor een nieuw tijdperk van systematisch ecologisch onderzoek en levert cruciale input voor de samenleving om ecosystemen te begrijpen en te duurzaam te benutten.

Genetische monitoring van biodiversiteit is een belangrijke toevoeging op bestaande meettechnieken. InGenMoB richt zich op het aanpakken van een aantal bottlenecks die cruciaal zijn voor de genetische monitoring in de verschillende toepassingsgebieden. We willen een universele toolkit ontwikkelen die inzetbaar is ter land ter zee en in de lucht.

Hiervoor richten we ons op technische uitdagingen zoals de bemonstering, het verkrijgen van voldoende DNA uit de monsters, het toepassen van innovatieve DNA sequencing methoden en de bio-informatica die nodig is om de data te analyseren en te visualiseren. Dit project sluit aan bij NIEBA ARISE: een door NWO gefinancierde grootschalige wetenschappelijke infrastructuur om soorten te herkennen en begrip te krijgen van patronen en trends in de Nederlandse biodiversiteit.

Technieken

• Metagenomics
• SMRT sequencing

Projectinformatie

Type project	Vooraanvraag RAAK-pro
Looptijd	Voorstel ingediend indien toegekend start 2022
Status	In aanvraag
Onderzoeksgroep(en)	Metagenomics, Bio-informatica
Projectleiding	Arjen Speksnijder (MG), Floyd Wittink (BI)
Docentonderzoeker(s)	N.t.b.
Analist(en)	Rob Pastoor
Student(en)	N.t.b.
Partner(s)	Naturalis, HAS hogeschool, LUMC, BaseClear