vloeistof wordt geschonken in reageerbuisjes op een dienblad

Toegepaste technieken

Een verscheidenheid aan technieken worden door de betrokken lectoraten en vakgroep ingezet en ontwikkeld om het onderzoek binnen het Leiden Centre for Applied Bioscience (LCAB) uit te kunnen voeren. 

Lectoraat Innovatieve Moleculaire Diagnostiek 

Het lectoraat Innovatieve Moleculaire Diagnostiek maakt gebruik van de volgende apparatuur en technieken:

  • MALDI-TOF MS - de Vitek MS, firma bioMérieux - voor identificatie van micro-organismen
  • Single cell MALDI-TOF is gelijk aan de MALDI-TOF, maar heeft een hogere gevoeligheid waardoor minder materiaal nodig is voor identificatie. Momenteel wordt gewerkt aan de validatie van deze techniek
  • Real time PCR en qPCR: ontwikkelen van diagnostiek voor de identificatie van micro-organismen en matrix (klinisch materiaal)
  • (meta)Genomics: microbiële ecosystemen. Standaardisatie van databases en software voor het verwerken van sequentie analyses op (meta-) genome en transcriptoom niveau, databases en statistische software
  • Culturomics: selectieve kweekmethoden voor het in kaart brengen van microbiële ecosystemen 

Referentie: identificatie met behulp van de Vitek MS. Sequencing technieken als Sanger en Nanopore sequencing worden gebruikt ter aanvulling op de Vitek MS analyses.

Lectoraat Genome-based Health

Het lectoraat Genome-based Health maakt gebruik van de volgende technieken:

  • Sequentie-analyse van DNA en RNA met behulp van verschillende platformen (onder andere Illumina, PacBio, ONT) beschikbaar via partners
  •  (Real time) PCR en qPCR: detectie van genetisch materiaal, varianten in DNA en RNA, genexpressie
  • Data-analyse op lokale computersystemen of de Shark-computercluster van het LUMC
  • Opslag van genetische varianten en gekoppelde informatie in web-based databases

Lectoraat Metabolomics

Het lectoraat Metabolomics maakt gebruik van de volgende apparatuur en technieken:

  • Vloeistofchromatograaf met massaspectrometrische detectie (LC-MS)
  • Gaschromatograaf met massaspectrometrische detectie (GC-MS)
  • Inductively coupled plasma optical emission spectrometry (ICP-OES)

Met behulp van deze analytische platforms worden binnen deze onderzoekslijn zowel targeted als untargeted metabolomics uitgevoerd, metabolieten geïdentificeerd en lage concentraties metaalionen gemeten (ICP-OES). Het LC-MS platform bestaat uit een Agilent Technologies 1200 vloeistofchromatograaf en een Bruker Daltonics MicrOTOF-Q massaspectrometer.

Lectoraat Biodiversiteit
Het lectoraat Biodiversiteit maakt gebruik van de volgende technieken: 

  • DNA en RNA extracties in het Ancient DNA- en pre-lab van Naturalis Biodiversity Center
  • DNA barcoding (Sanger sequencing) bij BaseClear
  • Metabarcoding (Ion Torrent/Ilumina sequencing) bij Naturalis Biodiversity Center en BGI
  • Transcriptomics (Illumina sequencing) bij BGI
  • Proteomics (vloeistofchromatografie met massaspectrometrische detectie (MS-MS) bij LUMC
  • PCR, qPCR en RT PCR bij Naturalis Biodiversity Center en Hogeschool Leiden
  • Sequenties worden vervolgens geanalyseerd met commerciële software als CFX Maestro, Blast2GO 5, Factor qPCR 2015, Geneious 10.2.3, Hyphy zoals geïmplementeerd in het Datamonkey cluster, en Mascot server 2.6.1 en diverse zelf ontwikkelde bio-informatische pijplijnen (https://github.com/naturalis/bio-info-docs/wiki/Bioinformatics-at-Naturalis). 
  • Microbiologische kweekmethoden LCAB

Vakgroep Bio-informatica

De vakgroep bio-informatica maakt gebruik van de volgende technieken:

  • Kwaliteitscontrole van DNA en RNA samples (voor high throughput sequencing)
  • DNA sequentie analyse (Sanger, Illumina, ONT, PacBio)
  • RNA sequentie analyse (Illumina, ONT)
  • Shotgun en marker-based Metagenome sequentie analyse (Illumina, ONT)
  • Statistische analyses (edgeR, DESeq2, lineaire modellen m.bv. VEGAN package)
  • Cluster analyses (PCA, K-means, Bray-Curtis plots, heatmaps)
  • Databases (Apache server, MySQL, Django)
  • Cluster Computing t.b.v. RNA en DNA sequentie analyse
  • Programmeren in Python, Bash, R, PHP en Java