Verantwoording 2019
De verantwoording over 2019 van het lectoraat Innovatieve Moleculaire Diagnostiek over de bijdrage aan de beroepspraktijk en maatschappij, aan onderwijs en professionalisering en aan kennisontwikkeling.
Beroepspraktijk en maatschappij
Bij het lectoraat wordt gewerkt aan verschillende onderzoeksprojecten:
Hooikoorts
Het lectoraat heeft een pollensniffer ontwikkeld en een app om pollenklachten te registreren. Het consortium bestaat uit het LUMC, Naturalis, Leidse instrumentmakers School, TNO, Longfonds, Reinier de Graaf en HAL Allergy. In februari 2019 is dit RAAK-publiek project afgerond. In 2020 worden met verschillende partners opnieuw samenwerkingsmogelijkheden besproken om een vervolg te geven aan dit project.
Een geschikte bodem voor duurzame tulpenteelt
Dit project biedt een platform voor het in kaart brengen van een microbiologisch ecosysteem. Dit RAAK-mkb project wordt in consortiumverband uitgevoerd waarin BaseClear, Universiteit Leiden, Naturalis, Koppert Biological Systems, LIOS, Proeftuin Zwaagdijk en zes telers zitting hebben. De leden van het consortium zijn in 2019 twee keer bij elkaar geweest.
Sneldiagnostiek van urineweginfecties
Dit RAAK-publiek project richt zich op het verbeteren van de diagnosestelling van urineweginfecties. Zo kan de infectieveroorzaker sneller worden geïdentificeerd en de patiënt sneller worden geholpen met de juiste antibiotica. Het lectoraat trekt in dit project op met de firma BiosparQ die een apparaat heeft ontwikkeld - de Single Cell MALDI-TOF - dat binnen enkele minuten bacteriën in urinemonsters kan identificeren. De consortiumleden, waaronder twee huisartsenpraktijken, het huisartsenlaboratorium Saltro en het Maasstadziekenhuis in Rotterdam, zijn in 2019 twee keer bij elkaar geweest.
Meten en detecteren van gezond gedrag
Validatie van (bio)markers van gezond gedrag en ontwikkeling van persoonlijke sensoren voor het monitoren van gezonde voeding (project NWA-startimpuls). Het RAAK-publiek project over darmklachten bij sporters, dat valt onder het lectoraat Metabolomics, is hierin opgenomen.
Ontwikkeling van een SID Robot
Binnen dit KIEM Smart Industry project wordt onderzoek gedaan naar next-gen sequencing voor toepassing in de voedingsverwerkende industrie voor het opsporen en verspreiden van voedselpathogenen. Het consortium bestaat uit vier bedrijven. Het project is afgerond in 2019. Spin-off: een contractactiviteit bij visverwerkingsbedrijf Van Wijnen en de ontwikkeling van een nieuw RAAK-mkb project.
PoreLab: DNA-analyse met de MinION in de praktijk & PoreAcademy
Dit RAAK-mkb project is afgerond in maart 2019 en heeft geresulteerd in geanalyseerde RNA- en DNA-samples van 12 deelnemende bedrijven, met behulp van de MinION (mini-sequencer). In juni 2019 is een Top-up subsidieaanvraag toegekend aan het project PoreAcademy; een vervolg op het PoreLab project. Uit een dergelijke subsidietoekenning blijkt waardering van de subsidieverstrekker voor de eindresultaten van een afgerond onderzoek.
Zij bieden financiële ondersteuning om vanuit die resultaten verder te werken in samenwerking met partners van het voorgaande onderzoek. PoreAcademy moet leiden tot een duurzame samenwerking tussen de deelnemende partijen op het gebied van het delen van ervaring en expertise op het gebied van de toepassing van nanopore sequencing.
Culturomics
Binnen deze onderzoekslijn worden gestandaardiseerde protocollen ontwikkeld voor monstervoorbewerking en voor selectieve kweekmethoden. Het gaat om de identificatie van schimmels en bacteriën in het ecosysteem zoals de bodem en de darmen van mens en dier. Dit onderzoek is gebruikt in het RAAK-mkb project over bodemonderzoek.
Vanuit twee door SIA gefinancierde KIEM 21st Century Skills projecten zijn vakdidactische middelen ontwikkeld: ‘Do It Yourself DNA KIT’ (onderwijsmateriaal voor het voortgezet onderwijs) en ‘Skills & Technology of the 21st century’ (multidisciplinair samenwerkingsproject rondom de MinION).
Contractonderzoek
Samenwerking met GDDier voor toepassing MinION bij typering van Mycoplasma bovis infecties.
Samenwerking met BioVerbeek voor toepassing MinION bij bodemonderzoek.
Nieuwe projecten
Eind 2019 zijn twee projectaanvragen van het lectoraat gehonoreerd door SIA: een RAAK-publiek project ‘Rhinoceromics’ over de interpretatie van genetische zelftesten en een KIEM-hbo project ‘Application of bacteria as probiotics in coral reef restoration at Bonaire, Caribbean Netherland’. De uitvoering van deze projecten start in het voorjaar van 2020.
Contact met de beroepspraktijk
In het kader van het SID Robot project heeft de lector een werkbezoek gebracht aan en een presentatie verzorgd voor diverse visverwerkingsbedrijven. Tijdens de Scientific Spring Meeting van KNVM en NVMM in maart verzorgde de lector samen met twee Honoursstudenten een presentatie. In mei verzorgde de lector een presentatie ‘Diagnostiek en onderzoek: Rhinoceromics’ tijdens de dierentuindag van de NVD/Commissie Dierentuindierenartsen in Dierentuin Blijdorp Rotterdam.
In juni gaf de lector een lezing voor NLG Noord-Holland (coöperatie Noord-Hollandse bollentelers) te Egmond. In september leverde de lector een bijdrage aan het congres ‘gepersonaliseerde faag behandeling resistente infecties’ georganiseerd door het Erasmus Ziekenhuis Rotterdam.
Onderwijs en professionalisering
Deskundigheidsbevordering docenten
Hbo-docenten en MLO-docenten werd ruimte geboden om te werken aan eigen professionalisering om zo de kwaliteit van het onderwijs dat zij verzorgen, te borgen. Door participatie in onderzoek houden docenten hun kennis en competenties actueel, blijven op de hoogte van de nieuwste ontwikkelingen en werken voortdurend aan de kwaliteit van het vakmanschap ‘docent’.
In het kader van deskundigheidsbevordering van docenten op het gebied van praktijkgericht onderzoek, waarbij vakinhoudelijke kennis wordt geactualiseerd, hebben in 2019 zes docenten geparticipeerd in onderzoek in de rol van docentonderzoeker of assistent lector. Verder vindt professionalisering plaats door wekelijkse presentaties of Journal Clubs gehouden door de diverse researchteams van de lectoraten van het LCAB voor collega’s en studenten over de voortgang van hun onderzoek. Tijdens een Journal Club bespreken en beoordelen docenten, onderzoeksmedewerkers en studenten gezamenlijk een wetenschappelijk artikel.
Bijdrage aan het onderwijs
Door het lectoraat zijn ruim 30 werk- en hoorcolleges voor studenten van de Applied Science opleidingen ontwikkeld en gegeven. Ook verzorgt het lectoraat de internationale minor Molecular Diagnostics en de minor Infectieziekten. Het lectoraat heeft vanuit de lopende onderzoeksprojecten 28 praktijkopdrachten beschikbaar gesteld voor onderwijsonderdelen. Hierop hebben in totaal 36 studenten vanuit een minor, projectonderwijs, stage, afstuderen en het honoursprogramma ervaring opgedaan met praktijkgericht onderzoek. In april van dit jaar heeft de lector een presentatie gegeven tijdens de Beroepenoriëntatiedag voor studenten van het Middelbaar Laboratoriumonderwijs.
De lector is lid van de onderwijsadviescommissie van de opleiding Biologie en Medisch Laboratoriumonderzoek. De lector ontwikkelt samen met de assistent-lector een minor Microbiomics.
Kennisontwikkeling
Lector Willem van Leeuwen is hoofdredacteur en medeauteur van het in juni 2019 verschenen boek Moleculair Diagnostics, deel 1. Hierin zijn ter illustratie onderzoeksprojecten van het lectoraat gepresenteerd. Het boek wordt gebruikt als lesmateriaal voor de gelijknamige minor Moleculair Diagnostics.
De lector heeft verschillende congressen bijgewoond waar vakgenoten kwamen zoals de Techtalk Mass Spectrometry in het Leiden Bio Science Park, het European Congress of Clinical Microbiology & Infectious Diseases (ECCMID) te Amsterdam, de uitreiking van de Deltapremie waarvoor de lector genomineerd was, het SIA-congres, een vierdaags congres in het Franse Lyon, het food Safety Event en het Flower Science congres in Noordwijkerhout. Daarnaast heeft de lector het 35-jarig bestaan van het Bioscience Park in september bijgewoond.
De lector heeft voor het Centrum Bioscience en Diagnostiek (CBD) twee cursussen verzorgd voor bijscholing van in totaal 28 vakgenoten op het gebied van Antibiotica resistentie en de PCR-techniek.
De lector is editor van het European Journal of Clinical Microbiology and Infections Diseases (maandelijks peer-reviewed medisch tijdschrift over klinische microbiologie en infectieziekten) en het Iranian journal of Microbiology (wetenschappelijke driemaandelijkse tijdschrift over gebieden medisch, veterinair, voedsel en water, toegepaste en milieumicrobiologie).