Verantwoording 2018
De verantwoording over 2018 van het lectoraat Innovatieve Moleculaire Diagnostiek over de bijdrage aan de beroepspraktijk en maatschappij, aan onderwijs en professionalisering en aan kennisontwikkeling.
Beroepspraktijk en maatschappij
Bekijk de onderzoeksresultaten van onze verschillende onderzoeken.
Hooikoorts
Het lectoraat heeft een pollensniffer en een specifieke app om pollenklachten te registreren. Er is een methodiek ontwikkeld om pollen en schimmels te identificeren via DNA-sequencing. Op het FestiValderAa hebben we het publiek de bruikbaarheid van de pollensniffer en app laten testen. De pollensniffers en poldator app zijn getest en beoordeelt door bezoekers van het FestiValderAa. Verslaglegging in een rapport naar SIA.
Deze zomer lieten we hooikoortspatiënten, metingen doen met pollensniffers om relatie klachten en blootstelling aan pollen te onderzoeken. Er is een co-creatieworkshop georganiseerd voor hooikoortspatiënten. De organisatie van een symposium om de projectresultaten te presenteren is gestart. Informaticastudenten gaan de pollentelling omzetten in plaatjes. In 2018 werd zeven keer een consortiumoverleg (LUMC, Naturalis, Leidse Instrumentmakers School, TNO, Longfonds, Reinier de Graaf en HAL Allergy) gepland.
PoreLab
Analyse van RNA- en DNA-samples van bedrijven m.b.v. de MinION (mini-sequencer). Van de 14 bedrijven hebben 12 samples aangeleverd: Van 2 bedrijven zijn de samples geanalyseerd en hebben een rapportage ontvangen. Van 7 bedrijven zijn de samples opgewerkt en worden nu geanalyseerd door bio-informatica. 2 bedrijven zijn afgevallen. 1 bedrijf leverde melksamples deze samples bleken niet te amplificeren. Van 2 bedrijven gaat een nieuw sample worden opgewerkt. Eind maart was de consortiumbijeenkomst (BaseClear, Future Genomics, Soiltech, Groen Agrocontrol, Qlip, NAK Tuinbouw, Stichting Bloembollen Keuringsdienst, Winclove, Dutch DNA Biotech, Ntrans Technologies, ProteoNic, Nsure, Photanol, Dekker Chrysanten samenwerkingsproject van het lectoraat IMD en de vakgroep Bio-informatica).
Culturomics
Gestandaardiseerde protocollen voor monstervoorbewerking en voor selectieve kweekmethoden. Het gaat om de identificatie van (liefst onbekende) schimmels en bacteriën in het ecosysteem zoals de bodem en de darmen van mens en dier. Onderzoek is in ontwikkelingsfase en zal worden gebruikt in het RAAK-mkb bodemonderzoek en voor het toekomstige RAAK-pro-project Rhinoceromics.
Een geschikte bodem voor duurzame tulpenteelt
Platform om microbiologisch ecosysteem in kaart te brengen. Op 26 sept 2018 vond de kick-off plaats. Het eerste pilot-onderzoek met de bodemanalyse van percelen met reguliere tulpen teelt en biologische tulpenteelt en percelen met bodeminterventie is gestart. Onderzoek wordt consortiumverband uitgevoerd (BaseClear, Universiteit Leiden, Naturalis, v.d. Slot Tulips BV, Gebr. Boon, Fa. M.H. van der Zon, Mts Heemskerk-Meskers, Field Source of Flowers, Vriend Flower Bulbs BV, Koppert Biological Systems, LIOS, Proeftuin Zwaagdijk).
Lezingen en presentaties voor bedrijven/ beroepspraktijk
De lector verzorgde in februari een lezing tijdens ‘Chameleon’, het netwerk-event van het Erasmus MC Rotterdam. Begin maart hield de lector een lezing over de resultaten van het onderzoek naar fusarium in de tulp tijdens de kennissessie van de Voorjaarsbloemenshow IGH in Schagen. Ook in maart van dit jaar hielden de lector en een onderzoeker van het lectoraat een voordracht tijdens de Techtalk Microbioom, georganiseerd voor de bedrijven/organisaties van het Leiden Bioscience Park.
In het kader van het SID Robot project heeft de lector een werkbezoek gebracht aan en een presentatie verzorgd voor Visverwerkingsbedrijf Kennemervisgroep en Fishpartners en visbedrijf Wijnen. Beide bedrijven zijn projectpartner.
Onderwijs en professionalisering
Het lectoraat is sinds augustus 2017 samen met andere lectoraten van de faculteit ondergebracht in het kenniscentrum van de faculteit Science & Technology het ‘Leiden Centre for Applied Bioscience’ (LCAB), gehuisvest in het SL Plaza gebouw. Om nauwere samenwerking tussen de diverse lectoraten te bevorderen hebben de lectoren onder voorzitterschap van de lector IMD regelmatig een lectorenoverleg.
Afgelopen jaar is begonnen met de voorbereidingen voor de officiële opening van het LCAB in mei 2018. De lector maakt deel uit van deze werkgroep.
De lector voert samen met de manager LCAB - in het kader van uitbreiding van het LCAB - verkenningsgesprekken met vertegenwoordigers van diverse organisaties. Ook is de lector voorzitter van de praktijkgerichte onderzoekscommissie (POC). Bij het traject van een projectidee tot aan het indienen van een onderzoeksvoorstel heeft de POC een belangrijke rol. Zij fungeert als controlemechanisme en buigt zich over aangedragen vraagstukken uit het werkveld die potentie hebben om bij het LCAB te worden aangenomen als projectopdracht. De commissie komt regelmatig bijeen.
De lector maakte deel uit van de selectiecommissie Verdiepende Honours afgelopen najaar. De lector en de laboratoriummanager verleenden een bijdrage aan de beroepenoriëntatiemarkt MLO afgelopen voorjaar. Daarnaast gaf de lector in april een presentatie tijdens het Genomics-symposium voor eerstejaars studenten.
Deskundigheidsbevordering docenten op het gebied van praktijkgericht onderzoek
Ook dit jaar zijn er weer presentaties gehouden door de diverse researchteams voor collega’s en studenten over de voortgang van het eigen onderzoek. Deze presentaties worden afgewisseld met een journal club, waarbij medewerkers en studenten werkzaam bij het LCAB samen een vooraf toegestuurd wetenschappelijk artikel bespreken en beoordelen. Ook de lector IMD verleende zijn medewerking hieraan.
Aantal studenten die onderzoeksopdrachten hebben uitgevoerd bij LCAB
Twaalf studenten deden vanuit diverse onderwijsonderdelen praktijkervaring op bij het lectoraat door te participeren in een van eerder genoemde onderzoeksprojecten.
Twee Honoursstudenten ondersteun(d)en het CRISPR-Cas project, twee Honoursstudenten ondersteunen het Culturomics project, twee Honoursstudenten assisteren bij het opzetten van een pipeline t.b.v. het project ‘een geschikte bodem voor de tulpenteelt’ en twee Honoursstudenten participeren in de opzet van een kwantitatieve test voor de aanwezigheid in de tulp. Zes MLO-studenten brachten in mei en november een snuffelstage door bij het LCAB. Een student, die stage liep bij het lectoraat van de lector Antroposofische Gezondheidszorg, deed afgelopen zomer een deel van haar onderzoek bij het lectoraat IMD.
Aantal geïmplementeerde curriculumonderdelen en verzorgde colleges/lezingen
De lector, laboratoriummanager en assistent-lector verzorgden in totaal 40 dagdelen gast-, werk- en hoorcolleges voor BM-studenten en MLO-studenten en verzorgden de internationale minor Molecular Diagnostics en de minor Infectieziekten.
Aantal docenten die participeren in onderzoek
Hbo-docenten en MLO-docenten werd ruimte geboden om te werken aan eigen professionalisering om zo de kwaliteit van het onderwijs dat zij verzorgen, te borgen. Door participatie in onderzoek houden docenten hun kennis en competenties actueel, blijven op de hoogte van de nieuwste ontwikkelingen en werken voortdurend aan de kwaliteit van het vakmanschap ‘docent’.
Een docent van de opleiding Verpleegkunde participeert in het kader van haar promotietraject in het UWI-project.
Kennisontwikkeling
De lector was aanwezig op de DAS conferentie, 29 mrt (samen met studenten en medewerkers). Hij heeft een workshop voorgezeten en een pitch ‘Onderzoek LCAB’ verzorgd.
De lector woont regelmatig het Flower Science Café bij, georganiseerd door Flower Science, een platform dat ondernemers, onderzoek, onderwijs en overheid verbindt in de ambitie om te verduurzamen en te innoveren in de sierteelt- en bloembollensector. Flower Science is onderdeel van de Greenport Duin- en Bollenstreek. Evenals voorgaande jaren werd een voorstel ingediend bij de SIA voor de RAAK-award 2018; het lectoraat werd niet genomineerd.
De lector heeft in maart 2018 een gastcollege ‘Antibioticumresistentie’ en een college Gastcollege ‘Tuberculose’ voor een Irakese groep verzorgd voor het CBD. In april heeft hij zijn medewerking verleend aan een workshop ‘Pollen en hooikoorts’ voor hooikoortspatiënten, georganiseerd door het LUMC. De lector was half november deskundige bij de promotie van een promovendus van het Erasmus MC.