Innovatieve Moleculaire Diagnostiek lectoraat

Verantwoording 2020

De verantwoording over 2020 van het lectoraat Innovatieve Moleculaire Diagnostiek over de bijdrage aan de beroepspraktijk en maatschappij, aan onderwijs en professionalisering en aan kennisontwikkeling. 

Beroepspraktijk en maatschappij

Bij het lectoraat wordt gewerkt aan verschillende onderzoeksprojecten:

Een geschikte bodem voor duurzame tulpenteelt

Dit project biedt een platform voor ontwikkelen van een techniek voor het in kaart brengen van een microbiologisch ecosysteem. Dit RAAK-mkb project wordt in consortiumverband uitgevoerd waarin BaseClear, Universiteit Leiden, Naturalis, Koppert Biological Systems, LIOS, Proeftuin Zwaagdijk en zes telers zitting hebben. De leden van het consortium zijn in 2020 een keer bij elkaar geweest. Een belangrijk project wat hieruit is voortgekomen is het Take off-project “Fusascreen”. Met dit project zetten 2 studenten een bedrijfje op van waaruit ze in samenwerking met het bedrijf BQ een techniek ontwikkelen voor een snelle detectie van Fusarium in tulpenbollen.

Sneldiagnostiek van urineweginfecties

Dit RAAK-publiek project richt zich op het verbeteren van de diagnosestelling van urineweginfecties. Zo kan de infectieveroorzaker sneller worden geïdentificeerd en de patiënt sneller worden geholpen met de juiste antibiotica. Het lectoraat trekt in dit project op met de firma BiosparQ die een apparaat heeft ontwikkeld - de Single Cell MALDI-TOF - dat binnen enkele minuten bacteriën in urinemonsters kan identificeren. De consortiumleden, waaronder twee huisartsenpraktijken, het huisartsenlaboratorium Saltro en het Maasstadziekenhuis in Rotterdam, zijn in 2020 een keer bij elkaar geweest tijdens de eindbijeenkomst. Het project is ondertussen afgerond. Vanuit dit project is een Top-up- project ingediend en toegekend “Een nieuwe biomarker voor de detectie van urineweginfecties in de eerste lijn”. Dit project is onlangs gestart.

Meten en detecteren van gezond gedrag

Validatie van (bio)markers van gezond gedrag en ontwikkeling van persoonlijke sensoren voor het monitoren van gezonde voeding (project NWA-startimpuls). Het RAAK-publiek project over darmklachten bij sporters, dat valt onder het lectoraat Metabolomics, is hierin opgenomen. Het project is afgelopen jaar afgerond.

Contract activiteit bij van Wijnen

Dit is een spin off van het KIEM-project “Ontwikkeling van een SID Robot” welke in 2019 werd afgerond. In dit project analyseren we stammen van Listeria Monocytogenes afkomstig van het bedrijf van Wijnen met behulp van de MinION. Dit levert informatie op over de besmettingsroutes van Listeria m. binnen (en buiten) het bedrijf. Een ander project wat voort is gekomen uit het KIEM-project is het RAAK-mkb project Precision Food Safety welke gestart is in september 2020.

Precision Food Safety Project

In dit project wordt doorgeborduurd op de resultaten van het KIEM-project “Ontwikkeling van een SID Robot” waarbij 6 bedrijven (van Heemskerk, Zwanenburg, Foodcompas, KennemerVisGroep, WFC en van Wijnen) uit de voedselverwerkende industrie zijn betrokken. Bedrijven maken kennis met de toepassing van de Nanopore technologie waarmee transmissie routes in hun fabriek kunnen worden achterhaald. Daarnaast wordt de techniek toegepast om een totaal beeld van de hygiëne van de fabriek te verkrijgen. Vanuit het LCAB is al een bezoek gebracht aan het bedrijf WFC om te leren hoe samples (swabs) kunnen worden opgewerkt.

Poreacademy

In juni 2019 is een Top-up subsidieaanvraag toegekend aan het project PoreAcademy; een vervolg op het RAAK-mkb project “PoreLab”. Uit een dergelijke subsidietoekenning blijkt waardering van de subsidieverstrekker voor de eindresultaten van een afgerond onderzoek. Zij bieden financiële ondersteuning om vanuit die resultaten verder te werken in samenwerking met partners van het voorgaande onderzoek. PoreAcademy moet leiden tot een duurzame samenwerking tussen de deelnemende partijen op het gebied van het delen van ervaring en expertise op het gebied van de toepassing van nanopore sequencing. Verschillende Hogescholen werken gezamenlijk aan de voorbereiding van een symposium in juni 2021 over de toepassing van de MinION technologie.

Culturomics

Binnen deze onderzoekslijn worden gestandaardiseerde protocollen ontwikkeld voor monstervoorbewerking en voor selectieve kweekmethoden. Het gaat om de identificatie van schimmels en bacteriën in het ecosysteem zoals de bodem en de darmen van mens en dier. Dit onderzoek is gebruikt in het RAAK-mkb project over bodemonderzoek.

Koraal onderzoek

In dit project worden de van nature in koraal voorkomende gunstige bacteriën geïdentificeerd en geïsoleerd waarmee de weerbaarheid van deze koralen kan worden vergroot. De koralen worden geleverd door de non profit organisatie “Reef Renewal Bonaire”.

Rhinoceromics

In het project Rhinoceromics worden met behulp van geavanceerde OMICs technieken een zeer breed scala aan potentiële biologische en biochemische factoren gemeten; bloed en feces wordt onderzocht met als doel technieken en biomarkers te ontwikkelen waarmee we de gezondheid van de zwarte neushoorn in gevangenschap kunnen monitoren. Hierbij wordt nauw samengewerkt met dierentuinen in Europa en Nederland zoals Blijdorp en zijn de Universiteit Zurich en Universiteit Utrecht betrokken. Het consortium is in 2020 2 x bij elkaar gekomen.

Fusascreen

Eind 2020 is het project “Fusascreen” van het lectoraat gehonoreerd door SIA: een take-off project over een snelle detectie van Fusarium in tulpenbollen.

Contact met de beroepspraktijk

In het kader van het PFS project heeft een aantal medewerkers van het LCAB een werkbezoek gebracht aan het bedrijf WFC en zijn er overleggen geweest met Van Wijnen. In het kader van het bodemproject is een bezoek gebracht aan het bedrijf Koppert.

Onderwijs en professionalisering

Deskundigheidsbevordering docenten

Hbo-docenten en MLO-docenten werd ruimte geboden om te werken aan eigen professionalisering om zo de kwaliteit van het onderwijs dat zij verzorgen, te borgen. Door participatie in onderzoek houden docenten hun kennis en competenties actueel, blijven op de hoogte van de nieuwste ontwikkelingen en werken voortdurend aan de kwaliteit van het vakmanschap ‘docent’.

In het kader van deskundigheidsbevordering van docenten op het gebied van praktijkgericht onderzoek, waarbij vakinhoudelijke kennis wordt geactualiseerd, hebben in 2020 zes docenten geparticipeerd in onderzoek in de rol van docentonderzoeker of assistent lector. Verder vindt professionalisering plaats door wekelijkse presentaties gehouden door de diverse researchteams van de lectoraten van het LCAB voor collega’s en studenten over de voortgang van hun onderzoek. De lector zat de commissie praktijkgericht onderzoek voor waarbij nieuwe onderzoeksrichtingen werden bepaald en potentiële nieuwe projecten werden beoordeeld.

Bijdrage aan het onderwijs

Door het lectoraat zijn ruim 30 werk- en hoorcolleges voor studenten van de Applied Science opleidingen ontwikkeld en gegeven. Ook verzorgt het lectoraat de internationale minor Molecular Diagnostics en de minor Infectieziekten. Het lectoraat heeft vanuit de lopende onderzoeksprojecten 28 praktijkopdrachten beschikbaar gesteld voor onderwijsonderdelen. Hierop hebben in totaal 36 studenten vanuit een minor, projectonderwijs, stage, afstuderen en het verdiepend honoursprogramma ervaring opgedaan met praktijkgericht onderzoek. In april van dit jaar heeft de lector een presentatie gegeven tijdens de Beroepenoriëntatiedag voor studenten van het Middelbaar Laboratoriumonderwijs.

De lector is lid van de onderwijsadviescommissie van de opleiding Biologie en Medisch Laboratoriumonderzoek. De lector ontwikkelt samen met de assistent-lector een minor Microbiomics.

Kennisontwikkeling

De lector is hoofdredacteur en medeauteur van het in juni 2020 verschenen boek Moleculair Diagnostics, deel 2. Hierin zijn ter illustratie onderzoeksprojecten van het lectoraat gepresenteerd. Het boek wordt gebruikt als lesmateriaal voor de gelijknamige minor Moleculair Diagnostics.

De lector heeft voor het Centrum Bioscience en Diagnostiek (CBD) twee cursussen verzorgd voor bijscholing van in totaal 35 vakgenoten op het gebied van Antibiotica resistentie en de PCR-techniek.

De lector is editor van het European Journal of Clinical Microbiology and Infections Diseases (maandelijks peer-reviewed medisch tijdschrift over klinische microbiologie en infectieziekten) en het Iranian journal of Microbiology (wetenschappelijke driemaandelijkse tijdschrift over gebieden medisch, veterinair, voedsel en water, toegepaste en milieumicrobiologie).