Bio-informatica voor beginners

Tijdens deze cursus leer je: 

• Bio-informatica databases en tools gebruiken (NCBI, UniProt, KEGG, PDB).
• Introductie Next generation sequencing en korte workshop Data analyse met R.
• Machine Learning voor beginners en introductie Data management.
• 3D structuren van eiwitten analyseren.

Programma cursus Bio-informatica voor beginners (wijzigingen voorbehouden)

Dag 1 - Bio-informatica databases gebruiken

Hoe ziet DNA- en eiwitdata er eigenlijk uit voor een bio-informaticus? Welke databases zijn er publiek beschikbaar, en hoe gebruik je deze voor het beantwoorden van een onderzoeksvraag? In een combinatie van demonstratie door een docent en hands-on computerpraktijk maken de deelnemers kennis met de wereld van verschillende databases en tools. Indien gewenst kunnen we de diepgang opzoeken, en uitleggen hoe bijvoorbeeld BLAST werkt, en welke impact dat heeft op je zoekresultaten.

Dag 2 - DNA tot data

Uitleg van Next generation sequencing, en de manier waarop deze data ingezet kan worden voor onderzoek. Tijdens het computerpracticum gaan we aan de slag het gratis programma R-studio. Leer data-analyseren en een paar visualisaties maken, door bestaande R scripts aan te leren passen.

Dag 3 - Machine learning voor beginners

Hoe kan een computer op basis van data, voorspellingen doen voor de toekomst?

We lichten een tipje van de sluier op en bespreken voorbeelden van clustering en classificatie, en de opzet van een geautomatiseerde data analyse. Met behulp van het programma Orange leer je een ML-data-analyse opzetten. We sluiten de dag af met een case study over Data management.

Dag 4 - Eiwitstructuur en vouwing

Hoe kun je voorspellen hoe een eiwit vouwt, vanaf de DNA sequentie? Onder leiding van een docent doorloop je een homology modelling experiment, en maak je tijdens de computerpraktijk zelf een voorspelde structuur. We sluiten de middag af met het voorspellen van een binding van een drug in een drug-target.

Let op!

De inhoud van cursus Introductie NGS is een onderdeel van deze cursus. Wil je meedoen aan Bio-informatica voor beginners en heb je Introductie NGS al gedaan? Neem dan even contact op voor de mogelijkheden.

Deze cursus wordt verzorgd door docenten Saskia Stahlecker, Hilda van Mourik, Tom Groot Kormelink, Marc Besseling en Ken Kraaijeveld.

Saskia Stahlecker

Saskia Stahlecker-Vosslamber is sinds 7 jaar als docent werkzaam bij de opleiding bio-informatica. Haar focus ligt op data-analyse Next Generation Sequencing (NGS) en transcriptom-analyse. Hiervoor gedurende 10 jaar werkzaam als onderzoeker met als expertisegebied advanced data-analyse, transcriptoom-analyse en autoimmuniteit.

Tom Groot Kormelink
Tom Groot Kormelink is sinds 2013 docent bio-informatica op de Hogeschool Leiden. Daarvoor heeft hij 4 jaar lang onderzoek verricht naar het voorspellen van transcriptiefactor bindingsplaatsen. Zo onderzocht bij bijvoorbeeld de glucocorticoïdreceptor en bijwerkingen van glucocorticoïden als behandeling voor reuma. Daarnaast is Tom dol op puzzelen, vooral op sudoku’s en andere breinbrekers. “Bio-informatica is eigenlijk ook gewoon puzzelen!”

Marc Besseling
Marc Besseling is 4 jaar als docent werkzaam bij de opleiding bio-informatica van de Hogeschool Leiden. Hier geeft hij uitlopende lessen, van populatiegenetica tot linux programmeren. Hiernaast is Marc onderzoeker bij het LCAB (Leiden Centre for Applied Bioscience). Momenteel gaat zijn onderzoek over de bacterie diversiteit in de grond van de tulpenteelt, dit rondom Leiden.  “Blijven leren.”

Ken Kraaijeveld 

Ken Kraaijeveld is evolutionair bioloog. Hij doet allerlei DNA-onderzoek bij het Leiden Centre of Applied Bioscience: van het bodemleven in tulpenvelden tot het Y chromosoom van de zwarte neushoorn. Ook geeft hij les bij de opleiding Bio-informatica aan de Hogeschool leiden, met name op vakken over Next Generation Sequencing. Ingewikkelde dingen op een toegankelijke manier uitleggen doet hij zowel graag in zijn lessen als op papier; zo schreef hij ook het populair-wetenschappelijke boek ‘Waarom je hond geen fruit hoeft te eten’.

Voor alle cursussen van het Centrum Bioscience en Diagnostiek is het mogelijk om een maatwerktraject samen te stellen. De kracht hiervan is dat we tijdens de cursus direct kunnen inspelen op de unieke werksituatie en trainingsbehoeften van jouw organisatie. Je kunt hierbij kiezen voor een incompanytraining voor een groep medewerkers of een individueel traject.

Meer informatie aanvragen?
Ben je benieuwd naar de mogelijkheden van een maatwerktraject voor jouw organisatie, neem dan vrijblijvend contact met ons op via 071-5188743/753 of [email protected].