Biodiversiteit Header

Verantwoording 2019

De verantwoording over 2019 van het lectoraat Biodiversiteit over de bijdrage aan de beroepspraktijk en maatschappij, aan onderwijs en professionalisering en aan kennisontwikkeling. 

Beroepspraktijk en maatschappij

Authentieke Vanille uit de kas
Binnen dit RAAK-mkb project zijn goedaardige schimmels en bacteriën uit de wortels van wilde vanilleplanten op naam gebracht met DNA-metabarcoding. Een selectie van deze microben is vervolgens in het lab opgekweekt voor weerbaarheidsexperimenten met Vanilleplanten uit kassen en de resultaten zijn gedeeld met een consortium van Vanillekwekers uit Nederland. In 2019 is dit project afgerond.

Onderzoeksresultaat: Microbiomen uit lucht-, stam- en grondwortels van Vanilleplanten uit de kas en in het wild zijn heel verschillend en kunnen de groei van Fusarium afremmen.

Hollandse Hop voor lokaal speciaalbier
Binnen dit RAAK-mkb project zijn in totaal elf locaties in Nederland opgezocht in het herbarium van Naturalis Biodiversity Center. Er is materiaal verzameld van verwilderde hopplanten voor chemische analyses en DNA-extracties. Dit onderzoek is uitgevoerd in samenwerking met de Hogeschool van Amsterdam, Artis bibliotheek, Wageningen Universiteit Research en een mkb. In 2019 is voor dit project verlenging aangevraagd.

Onderzoeksresultaat: de chemische samenstelling van verwilderde Hollandse hopplanten in Nederland is erg variabel, net als hun genome skims.

Contractonderzoek
In het kader van contractonderzoek heeft een samenwerkingsproject gelopen met Dümmen Orange over verhouting van Phalaenopsis orchideeën. De verzamelde lignificatie data zijn gebruikt door het bedrijf Dümmen Orange voor de selectie van nieuwe Phalaenopsis cultivars. Hiernaast heeft het lectoraat onderzoek uitgevoerd in samenwerking met de Universiteit van Amsterdam, afdeling Archeologie, het natuurhistorisch museum Rotterdam en de Werkgroep Pleistocene Zoogdieren. 

Contact met de beroepspraktijk 
Het lectoraat heeft op uitnodiging verschillende lezingen gehouden voor de beroepspraktijk. Zo was de lector in april aanwezig bij de Landelijke DNA dag BplusC te Leiden en in mei sprak zij over ‘Darwin in de stad: evolutie van dieren en planten in het urbane bioom’ bij een bijeenkomst van de Werkgroep Stedelijke Ecologie.

Een docentonderzoeker heeft met samenwerkingspartner BaseClear een presentatie gegeven over ‘NGS of root microbiomes of Fusarium inoculated Vanilla planifolia grown with and without probiotica’ bij de Greenhouse farming of Vanilla te Bleiswijk. In het tijdschrift Resource is een interview gepubliceerd met de lector over het thema ‘Vanilleteelt in Hollandse kas blijft toekomstmuziek’.

De assistent-lector heeft op uitnodiging twee presentaties gegeven in de serie ‘Techtalks’ van het biosciencepark over analyse van fossiele materialen met behulp van massa spectrometrie en in december over analyse van bioarcheologisch lynx materiaal in GaiaZoo (Kerkrade) op het Biology Conservation symposium.

In mei heeft de lector opgetreden bij BNN Vara’s Vroege Vogels over het citizen science paardenbloemonderzoek, één van de experimenten van het onderzoeksproject over evolutie in de stad. Deze vorm van onderzoek vergroot de betrokkenheid van algemeen publiek bij wetenschappelijke projecten. Door zoveel mogelijk mensen bij een citizen science project te betrekken is het mogelijk om grote aantallen gegevens te verzamelen.

Onderwijs en professionalisering

Deskundigheidsbevordering docenten 
Door participatie in onderzoek houden docenten hun kennis en competenties actueel, blijven op de hoogte van de nieuwste ontwikkelingen en werken voortdurend aan de kwaliteit van het vakmanschap ‘docent’.

In het kader van deskundigheidsbevordering van docenten op het gebied van praktijkgericht onderzoek, waarbij vakinhoudelijke kennis wordt geactualiseerd, hebben in 2019 drie docenten geparticipeerd in onderzoek in de rol van docentonderzoeker of assistent lector.

Met name de assistent lector speelt een essentiële rol bij het vertalen van onderzoeksactiviteiten en resultaten naar het onderwijsprogramma. Bij het lectoraat doorloopt een docentonderzoeker van de opleiding Biologie en Medisch Laboratoriumonderzoek een promotietraject via de aan haar toegekende promotiebeurs voor docenten. In februari 2020 verdedigt zij haar proefschrift over haar onderzoek ‘Evolution and development of orchid flowers and fruits’.

Bijdrage aan het onderwijs
Door het lectoraat zijn in totaal drie colleges voor studenten van de Applied Science opleidingen ontwikkeld en gegeven. Voor de minor Molecular Diagnostics heeft de lector samen met een student een college gegeven over de toepassing van Next-gen sequencing met Vanille. 

Het lectoraat heeft vanuit de lopende onderzoeksprojecten 16 praktijkopdrachten beschikbaar gesteld voor onderwijsonderdelen. Hierop hebben in totaal 27 studenten vanuit een minor, projectonderwijs, afstuderen en het honoursprogramma ervaring opgedaan met praktijkgericht onderzoek. 

Een afstudeerstudent van de opleiding Biologie en Medisch Laboratoriumonderzoek won voor haar onderzoek bij het lectoraat op het project ‘Phylogenetic prospecting and bioassays of Asian Necklace orchids’ de scriptieprijs van Kelly Scientific.

Het lectoraat heeft een practicum over proteomics, dat bij de hogeschool op hoofdlijnen al werd gegeven, uitgewerkt tot een verbeterd practicum voor master studenten van de universiteit Leiden. Dit practicum is in september gegeven bij de hogeschool en in oktober 2019 bij de universiteit.

In november en december hebben drie projectgroepen (12 studenten) gewerkt aan paleobiologische vraagstukken afkomstig van het Natuurhistorisch Museum Rotterdam, Naturalis Biodiversity Center, gemeente Middelharnis en Stichting oud-Geervliet.

Kennisontwikkeling

De lector heeft in 2019 meegeschreven aan drie wetenschappelijke publicaties in de internationale vaktijdschriften Molecular Phylogenetics and Evolution, Zoological Journal of the Linnean Society en Frontiers in Plant Science. De assistent-lector en een docentonderzoeker hebben deze stukken als eerste auteur geschreven. Tevens is aan het eind van het jaar een artikel naar een educatief-wetenschappelijk tijdschrift opgestuurd over een project dat door studenten in samenwerking met een oud-docent en de assistent-lector is uitgevoerd. Dit stuk is nog onder reviewing.

De lector gaf een keynote lezing over ‘How climate proof are our orchids?’ tijdens de 7th International Orchid Conservation in Londen voor orchideeënonderzoekers en -telers uit de hele wereld. In juni gaf zij een lezing over ‘Evolution and development of orchid flowers en fruits’ tijdens het congres Flower Deveplopment Workshop in Frankrijk.

De lector heeft voor het Centrum Bioscience en Diagnostiek (CBD) twee cursussen verzorgd voor bijscholing van in totaal 21 vakgenoten op het gebied van PCR en Primers & Probes. De assistent-lector is cursusleider en docent in deze cursus.

De lector heeft zitting in een peer review commissie van een NSF proposal, en is lid van de redactie van de tijdschriften Annals of Botany en Frontiers in Plant Science. Verder was zij opponent in drie promotiecommissies in de rol van vakinhoudelijk expert.

Afscheid

Per 1 november 2019 heeft Barbara Gravendeel haar functie van lector Biodiversiteit neergelegd in verband met haar benoeming tot bijzonder hoogleraar Plant Evolution aan de Faculteit Natuurwetenschappen, Wiskunde en Informatica van de Radboud Universiteit te Nijmegen.