Hogeschool Leiden

Verantwoording 2017

De verantwoording over 2017 van het lectoraat Bio-informatica over de bijdrage aan de beroepspraktijk en maatschappij, aan onderwijs en professionalisering en aan kennisontwikkeling.

Beroepspraktijk en maatschappij

Bij het lectoraat Bio-informatica is het afgelopen jaar gewerkt aan het RAAK mkb project PoreLab. Er is een lab voor het Nanopore sequencen ingericht, de eerste experimenten zijn voor een deel van de participanten uitgevoerd en er is hard gewerkt aan een data analyse infrastructuur. Er kunnen momenteel efficiënt genoom en metagenoom analyses aangeboden worden, transcriptoom analysis zijn in ontwikkeling. Er is uitgebreid onderzoek gedaan naar assembler, een nieuwe assembler, Tulip, is beschikbaar gesteld voor gebruik. Na het vertrek van de lector Bio-informatica is dit een samenwerkingsproject geworden van de lectoraten IMD en Bio-informatica. 

Daarnaast is er in nauwe samenwerking met de vakgroep Medische Microbiologie van het LUMC onderzoek gedaan naar het gebruik van nieuwe sequencing methodes voor het diagnostisch gebruik bij virale infecties. Begin 2018 zal hiervoor een automatische analyse methode aan deze vakgroep overgedragen worden. 

In vervolg op dit project is er samen met het LUMC, GenomeScan en MC Haaglanden hard gewerkt aan een aanvraag voor RAAK Publiek “Validatie van metagenomische analyse voor virusdiagnostiek”.  

Daarnaast is een Kiem Smart industrie aanvraag met de titel “De ontwikkeling van een SID Robot voor toepassing in de voeding verwerkende industrie” ingediend. In dit project zal het lectoraat Nanopore sequencing gaan gebruiken voor online real time analyse voor de kwaliteitsborging van voeding. 

Een sleutelproject bij het lectoraat Bio-informatica is het assembleren van het Tulp genoom. In samenwerking met Dümmen Orange en BaseClear is aangekondigd dat eer een draft sequentie gebaseerd op nanopore data gemaakt zal worden. Deze is door de lector gepresenteerd gedurende het symposium “ Future of Genomics”. 

Het lectoraat Bio-informatica ondersteunt het lectoraat Biodiversiteit bij de data analyse van de bloemontwikkeling bij de orchidee.  

Onderwijs en professionalisering

Professionalisering van het onderzoek binnen het onderwijs stond voorop bij het vinden van een nieuwe locatie en werd gevonden in het onderzoekscentrum van de faculteit Science & Technology: het Leiden Centre for Applied Bioscience, gehuisvest in het SL Plaza gebouw. Hier zijn de bioscience lectoraten van de faculteit samengebracht met de lectoraten van het Centre of Expertise Generade. 

Het lectoraat Bio-informatica is actief betrokken bij het onderwijs in de vorm van het geven van (gast-) colleges, nascholing en training/coaching d.m.v. stages en afstudeerplaatsen.  Daarnaast heeft de associate lector zitting in de curriculum commissie, de onderwijsadvies commissie (OAC) en schrijft actief lesmateriaal. Zittingen van het docentenoverleg bio-informatica worden actief bezocht. De associate lector heeft in het kader van verdere professionalisering een SKE certificaat behaald. 

De lector heeft gastcolleges gegeven bij de modules bNextGen, bNGSA en een onderzoekster Bio-informatica heeft een gastcollege bij de module bara gegeven. 

De associate lector heeft de module bRNA volledig geactualiseerd. Verder is een bijdrage geleverd m.b.t. het aanpassen van de colleges m.b.t. variant calling, statistiek en de minor genomics. 

Er hebben 14 studenten, twee onderzoekers en een docent op diverse projecten gewerkt om praktijkervaring op te doen binnen het lectoraat. De projecten varieerden van het vaststellen van de basevolgorde van een organisme tot het interactief visualiseren van data en het opstellen van een database. De twee onderzoekers zijn zich verder gaan ontwikkelen binnen het onderwijs door het volgen van de BKE cursus. 

Er is door de associate lector een gastcollege gegeven bij de cursus “Moleculaire Diagnostiek” van de Fontys Hogeschool.  Ook komend jaar zal hieraan medewerking worden verleend. Daarnaast is er twee keer de cursus “Analyse van NGS data”, een keer de cursus “ NGS voor microbiologie diagnostiek” en een keer de workshop “Metagenomics” bij het CBD gegeven door de onderzoekers en de associate lector. 

Kennisontwikkeling

Vanuit het lectoraat Bio-informatica zijn de volgende congressen bezocht als spreker: 

  • Symposium Applied Genomics,Leiden 19 januari, Nanopore sequencing of eels and tulip 
  • NVMM congres, Papendal 11 april, Nanopore sequencing the S.haemolyticus genome 
  • Webinar Oxford Nanopore Techn, 19 april, The TULIP assembler 
  • BIOSB, Delft 20 april, Lightweight sequencing of a massive genome 
    BIOSB, Delft 20 april, The Nanopore lab 
  • London Calling, London 5 mei, Lightweight sequencing of a massive genome  
    BaseClear Symposium:” Future of Genomics”, 31 oktober Leiden, Nanopore sequencing of Tulip and eel 

De lector heeft o.a. gepubliceerd in: 

  • Jansen, H.J et.al, Rapid de novo assembly of the European eel genome from nanopore sequencing reads. Scientific Reports 7, 7213 (2017) 
  • Jansen H et al. De novo whole-genome assembly of a wild type yeast isolate using nanopore sequencing [version 1; referees: 4 approved with reservations]. F1000Research 2017, 6:618 
  • TULIP assembler, https://github.com/Generade-nl/TULIP