Nematoden

Een aantal eigenschappen van nematoden maakt dat deze organismen goed bruikbaar zijn om de kwaliteit van de bodem te bepalen. Nematoden bezetten sleutelposities in bodemvoedselwebben. Ze voeden zich met de meeste bodemorganismen en zijn voedsel voor vele anderen. Ze beïnvloeden ook de successie van de vegetatie. Nematoden reageren snel op verstoring en verrijking: toenemende microbiële activiteit leidt tot veranderingen in het aandeel van bacterie-eters in een gemeenschap. Nematoden zijn gemakkelijk te bemonsteren en relatief eenvoudig te analyseren. 
Tot nu toe worden nematoden morfologisch of m.b.v. PCR geïdentificeerd. Deze methoden zijn niet optimaal omdat ze of tijdrovend zijn of niet geheel betrouwbaar. 

Doel van het onderzoek is om de nematoden in de bodem te analyseren op basis van Pore-sequencing met de MinION. Hiervoor zal de DNA-isolatie uit de nematoden worden geoptimaliseerd. Het DNA wordt sequenced met de MinION. Een bio informatica pijplijn wordt daarbij gebruikt voor de identificatie van de nematoden. De nematoden-database wordt aangevuld met ondersteuning van het LIOS met morfologische identificatie.

Technieken

• Nanopore sequencing (MinION)
• DNA-isolatie
• Morfologische identificatie

Projectinformatie

Type project	Spin-off van RAAK-mkb project Geschikte bodem voor duurzame tulpenteelt
Looptijd	n.v.t.
Status	Lopend
Onderzoeksgroep(en)	Innovatieve Moleculaire Diagnostiek, Bio-informatica
Projectleiding	Floyd Wittink (BI)
Docentonderzoeker(s)	Anita Dirks (BM)
Analist(en)	Angela Hoogenboom (BM)
Student(en)	1 student BM 4e jaars en 1 student BI 4e jaars, 4 studenten BI 3e jaars
Partner(s)	LIOS