DNA

Over

Thema

Toepassingsmogelijkheden MinION gepresenteerd tijdens PoreLab Symposium

14 maart 2019 - Welke toepassingen zijn er mogelijk bij snelle data-analyse via MinION-sequencen? Tijdens het PoreLab Symposium werd volop kennis en ervaring uitgewisseld. Lees het verslag.

Op donderdagmiddag 14 maart verzamelen studenten en docenten van Hogeschool Leiden en andere Hogescholen, bedrijven, universiteiten en onderzoeksinstituten bij de hogeschool om deel te nemen aan het Porelab Symposium. 

Kennis en ervaring uit het PoreLab project

De afgelopen jaren heeft een consortium bestaande uit Hogeschool Leiden, Baseclear en een groot aantal andere bedrijven onderzoek gedaan naar de toepassingsmogelijkheden van de MinION. Deze minisequencer van Oxford Nanopore kan snel grote hoeveelheden DNA analyseren. Een tiental bedrijven leverden materiaal (b.v.plant, schimmels, water) aan waarvan het DNA werd geanalyseerd  door het te sequencen mbv de MinION. Dit sequencen gebeurt door het DNA-molecuul als het ware door een kleine porie te ritsen en de basen volgorde te bepalen op basis van de elektrische weestand in de porie. Met de relatief simpele workflow van de MinIon kan dit apparaat nu overal toegepast worden, van het meest uitgebreide lab in Leiden, tot de simpelste opzet in de tropische jungles van Sumatra. 

Tijdens het symposium deelden verschillende leden van het consortium de opgedane kennis en ervaring over het MinION sequencen. 

Keynote speaker Olivier Lucas, strategisch accountmanager bij Oxford Nanopore, tijdens PoreLab Symposium
Keynote speaker Olivier Lucas, strategisch accountmanager bij Oxford Nanopore

Ontwikkelingen nanopore sequencen gaan razendsnel

Het programma werd geopend door Bas Reichert de directeur van BaseClear, een next-generation sequencing bedrijf. Zijn visie voor de toekomstige technieken en toepassingen van DNA sequencing toont een duidelijke noodzaak voor de nauwe samenwerking tussen bedrijven, educatie, en research. Olivier Lucas, keynote speaker en  accountmanager van Oxford Nanopore benadrukt dat de ontwikkelingen op het gebied van nanopore sequencen razendsnel gaan, waardoor de MinION uitermate geschikt is voor zowel onderzoek als diagnostiek. 

De bedrijven Nsure, Dutch DNA en NIOZ, pitchten over de resultaten van het door hen aangeleverd materiaal wat met de MinION werd gesequenced binnen dit project. De vraagstellingen hierbij liepen sterk uiteen; van genexpressie analyses om het rijpproces van peren bij te houden, naar analyse van genetisch gemodificeerde gisten voor de biotechnologische industrie, tot het in kaart brengen van de micro – en macrobiologische samenstelling van organismen in verschillende delen van onze oceanen. 

To be continued

Als afsluiting ontstond er een levendige discussie tussen de sprekers en hun publiek. Willem van Leeuwen en Walter Zuijderduin van het Leiden Centre of Applied Biosciences deelden hun ervaringen met het Porelab project. Ook spraken ze over de mogelijke opzet van een PoreAcedemy voor geïnteresseerde partijen die ervaring op willen doen met NanoPore technologieën. Met het oog op de geboekte resultaten en het animo voor deze techniek binnen het bedrijfsleven, educatieve instellingen en het onderzoeksveld, zal dit symposium hoogstwaarschijnlijk niet het laatste nieuws zijn dat we horen over de technologieën van Oxford Nanopore…

Bekijk het nieuwsoverzicht van het lectoraat Innovatieve en Moleculaire Diagnostiek