Juni 2008 tekenden de beide bestuursvoorzitters een samenwerkingsovereenkomst tussen het LUMC en Hogeschool Leiden. Er wordt op vele terreinen al samengewerkt. De overeenkomst heeft echter de intentie om deze samenwerking structureel en duurzaam vorm te geven. Afgesproken is dat er jaarlijks een programma wordt opgesteld. Elke 3 jaar zal de samenwerking geevalueerd worden.
Beide partijen hopen op deze manier een bijdrage te leveren aan de kennisontwikkeling van personen die werkzaam zijn in de gezondheidszorg en de biomedische sector. Daarnaast gaan zij ervan uit dat de expertise en de faciliteiten van het LUMC en Hogeschool Leiden elkaar aanvullen en versterken.
De samenwerking met Universiteit Leiden is onder meer zichtbaar op het terrein van de opleidingen HBO Rechten, Informatica en Bio- informatica en in tal van contacten en activiteiten die in het kader van de lectoraten en kenniskringen zijn uitgevoerd. Hogeschool Leiden en Universiteit Leiden nemen samen met Technische Universiteit Delft, Erasmus Universiteit Rotterdam, Universiteit Maastricht, Haagse Hogeschool / TH RijswijkTH Rijswijk deel aan het e-mergeproject, waarin (project)activiteiten wordenuitgevoerd met het oog op de integratie van onderwijskundige en technische aspecten van ict in het onderwijs.
In 2003 hebben ROC Leiden en Hogeschool Leiden een overeenkomst tot samenwerking gesloten. De samenwerking is gericht op de verhoging van de kwaliteit van het onderwijs, de versterking van de onderlinge positie en op vergroting van doelmatige bedrijfsvoering. Deze samenwerking komt onder andere tot uiting bij het laboratorium onderwijs en het project "ICT Academie":
In januari 2003 zijn de Haagse Hogeschool en de TH Rijswijk gefuseerd. Hogeschool Leiden en Haagse Hogeschool hebben het bestaande samenwerkingsverband in de Stichting Samenwerkende hogescholen Haaglanden en Rijnstreek voortgezet. In dit samenwerkingsverband werkt de hogeschool op bestuurlijk niveau samen met de Haagse Hogeschool met behoud van zelfstandigheid en denominatie.