Lectoraat Innovatieve Moleculaire Diagnostiek

Onderzoeksprojecten

SOS
Sepsis management door optische sneldiagnostiek. Sepsis is een levensbedreigende infectie. Jaarlijks sterven vele honderden patiënten in Nederland aan de gevolgen hiervan. De diagnostiek van sepsis neemt veel tijd in beslag en dit onderzoeksproject beoogt de diagnose (identificatie van verwekker + compleet antibioticum gevoeligheid spectrum) binnen enkele uren na verdenking op sepsis te kunnen vaststellen. Hiervoor zal een Raman spectroscoop voor het TOPlab worden ontwikkeld door River Diagnostics BV dat een spectrum maakt van de aanwezige bacteriën. Een groot aantal geïsoleerde bacteriestammen van alle potentiële verwekkers van sepsis zal worden gescreend met behulp van Raman-spectroscopie. TOPlab zal vervolgens betrokken zijn bij een preklinische pilot studie en een multicenter onderzoek.

Appeal studie
Bij operaties aan de dikke darm kan zich een reeks van specifieke complicaties voordoen, namelijk een lekkage van de darmnaad (de anastomose). De inhoud van de darm, met al zijn bacteriën, komt dan in de buikholte met gevolg hartkloppingen, buikvlies ontsteking, sepsis (bloedvergiftiging) en koorts. Een dergelijke lekkage dient dus tijdig vastgesteld te worden. APPEAL staat voor Analysis of Predictive Parameters for Evident Anastomosis Leakage. Doel van dit project is het onderzoeken van drainvochten afkomstig van patiënten die verdacht zijn van een colorectale anastomose (darmlekkage). Het drainvocht wordt onderzocht op de aanwezigheid van indicator organismen E. coli en E. Faecalis met behulp van qPCR.

Chronische diarree
In dit project is het doel een multiplex PCR te ontwikkelen voor de detectie van parasieten in faeces van patiënten met chronische diarree.

AFLP project
Dit project richt zich op het typeren van Pseudomonas aeruginosa en Burkholderia cepacia. Het afgelopen jaar is hiertoe een protocol ontwikkeld inclusief data-analyse in het programma R. Dit jaar worden Pseudomonas en Burkholderia stammen uit patiënt samples getypeerd met behulp van het ontwikkelde protocol.

GiMaRIS
In het Biopartner gebouw in het Bioscience park bevindt zich het bedrijf GiMaRIS dat zich bezighoudt met het identificeren van marine vertebraten. Het gaat met name om invasieve soorten, aangezien deze economische schade met zich meebrengen. TOPlab medewerkers en studenten zijn betrokken bij het isoleren van DNA uit organismen aangetroffen op uiteenlopende sampling plaatsen. Het DNA wordt in het TOPlab verder geamplificeerd en vervolgens gesequenced om nader te bepalen om welke soorten het precies gaat. Optimalisatie van deze procedure en routinematig sequencen is een van de doelen van dit project.

Burkholderia
Tot op heden zijn er nog geen goede Moleculair Diagnostische methoden om Burkholderia Cepacia stammen te typeren en snel een diagnose te kunnen stellen wat van groot belang is om verspreiding van de bacterie te beperken. In het lopende Burkholderia AFLP onderzoek is het DNA van een referentie-collectie van ongeveer 100 Burkholderia en Pseudomonas bacteriestammen geïsoleerd. Het op het TOPlab ontwikkelde AFLP protocol voor typering van bacteriestammen is vervolgens toegepast om een gedeelte van de stammen te typeren.

Whole genome sequencing
In samenwerking met het LGTC in het LUMC en de afdeling informatica / bioinformatica wordt aan het in kaart brengen van het genoom van een micro-organisme gewerkt.

Consultancy
Een groot gewasbeschermingsbedrijf heeft het TOPlab gevraagd advies te geven op het gebied van inrichting van een moleculair biologisch laboratorium. Tevens adviseren kenniskringleden bij het opzetten van moleculaire assays en worden scholingsbehoeften van het personeel geïnventariseerd. Hier is het Centrum voor Bioscience en Diagnostiek nauw bij betrokken. De consultancy houdt ook in dat initiële experimenten worden uitgevoerd op het TOPlab.

Literatuur onderzoek naar detectiemethoden voor darmbacteriën bij acute infecties
Dit onderzoek betreft specifieke detectie van bacteriën die acute infecties veroorzaken in de darmen. Het onderzoek leverde een set van primers op die in een multiplex PCR gebruikt kunnen gaan worden ter verbetering van de moleculaire diagnostiek op dit terrein.