De eerste drie studiejaren zijn opgedeeld in vier perioden van tien weken; het laatste in twee perioden van twintig weken. Je werkt op verschillende manieren: je doet theoretische kennis op, oefent praktijksituaties en traint professionele vaardigheden. Soms individueel, vaak in groepen.

Lily David (25), vierdejaars student, doorgestroomd vanuit het MLO:
"Ik moest wel even wennen. Bio-informatica is abstracter dan het MLO, omdat alles in de computer gebeurt. Toch is er ook genoeg biologische achtergrond voor mij. De studie is dynamisch en het werken met moderne technologie maakt het super interessant. Maar ik ben vooral doorgegaan, omdat dit vak toekomst heeft. Ook voor mijzelf. Met MLO was ik analist geworden. Als bio-informaticus kan ik straks
zelf onderzoek doen door biologische data te verwerken en te analyseren."
De major is het hoofdprogramma. Daarin verwerf je de competenties die horen bij jouw beroep. De major omvat maximaal 210 EC van de in totaal 240 EC. In de hoofdfase van de opleiding besteed je daarnaast minimaal 30 en maximaal 60 EC aan een of twee minoren naar keuze. In het tweede jaar begint de hoofdfase van de opleiding. De thema's uit de bio-informatica komen in dit jaar aan bod.
Elke periode kent een thema. Binnen een thema staat een project uit het latere beroep centraal. Praktijkopdrachten, waarbij je in of voor bedrijven aan de slag gaat, lopen als een rode draad door de thema's heen. Alleen het eerste jaar staat min of meer vast.
De opleiding Bio-informatica heeft vier specialisaties (minors). Je kunt ook de minoreenheid volgen, waardoor je de specialisaties Systems Biology, High Throughput Data Analysis en Proteomics kunt uitbouwen tot een minor. Lees verder.
Het eerste jaar is bedoeld om kennis te maken met bio-informatica, je bij te spijkeren in de beginselen van het vak. Het eerste jaar heeft vier thema's die je inleiden in de wereld van de bio-informatica.
In het tweede jaar begint de hoofdfase van de opleiding. Dit jaar draait om dé thema's uit de bio-informatica. Je gaat dit jaar tweemaal werken aan een praktijkopdracht voor bedrijf of instelling; vaak bij het bedrijf zelf.
Het derde jaar begint met een stage van een halfjaar. De blokken die hierop volgen kun je zelf combineren. Je kunt je verdiepen in specifieke thema's door het volgen van twee of drie specialisaties. Om je hbo-opleiding af te ronden moet je ook minimaal één minor volgen. Het afstuderen is het laatste onderdeel van je studie.
Je stage regel je via Hogeschool Leiden. Uiteraard kun je ook zelf een stagebedrijf uitzoeken dat niet in het bestand zit. De opdrachten voor stages worden meestal geformuleerd door de bedrijven.